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使用MySQL客户端登录Ensemble数据库查询相关信息

时间:2018-07-18 21:40:46      阅读:176      评论:0      收藏:0      [点我收藏+]

标签:1.2   ble   数据库mysql   lin   序列   gen   only   mysql   div   

 

Ensemble公共MySQL数据库

对于大量数据和更详细的分析,Ensemble的MySQL服务器ensembldb.ensembl.org,useastdb.ensembl.org或asiadb.ensembl.org,可以以匿名方式访问。 第三台服务器martdb.ensembl.org提供对BioMart数据库的公共访问。 如果您对人体GRCh37装配的数据感兴趣,只能在ensembldb.ensembl.org上获得(参见下面的连接细节)。

从Ensembl数据库中检索数据有两种选择:

Perl API

Perl API(详细

MySQL客户端

使用MySQL客户端登录Ensembl数据库需要了解使用的复杂数据库模式的知识。另外还要注意,数据库MySQL查询不支持检索序列; 要检索序列,请使用Perl API。

ServerUserPasswordPort(s)VersionNotes
ensembldb.ensembl.org anonymous - 3306 & 5306 MySQL 5.6.33 From Ensembl 48 onwards only
useastdb.ensembl.org anonymous - 3306 & 5306 MariaDB 10.0.30 Current and previous Ensembl version only
asiadb.ensembl.org anonymous - 3306 & 5306 MariaDB 10.0.30 Current and previous Ensembl version only
martdb.ensembl.org anonymous - 5316 MariaDB 10.0.30 From Ensembl 48 onwards only
ensembldb.ensembl.org anonymous - 3337 MySQl 5.6.33 Databases for archive GRCh37 - release 79 onwards
ensembldb.ensembl.org anonymous - 4306 MySQL 4.1.20 Up to Ensembl 47 only
martdb.ensembl.org anonymous - 3316 MySQL 4.1.20 Up to Ensembl 47 only

Ensembl API

Ensembl API支持多种语言GET或POST请求访问,返回json或xml格式的信息。

参考资料

Ensembl

使用MySQL客户端登录Ensemble数据库查询相关信息

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原文地址:https://www.cnblogs.com/yahengwang/p/9332536.html

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