首先，下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后，将vcf文件进行基因型定相，分四步走。 第一步，将vcf文件转化为plink二进制文件（.bed, .bim, .fam）。 这一步需要用到GATK里的GenomeAnalysisTK工具，见如下命令： 注：这里的metaData，输入的fam文件 ...
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2018-06-20 18:57:24
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线程安全：数据类型或静态方法在多线程中执行时，无论如何执行，不需调用者做额外的协作仍可以得到正确的行为。 行为正确意味着满足规格说明和保持不变性 不能在前置条件中对调用者增加时间性要求（在set（）运行时不能调用get（）） 例子：迭代器， 不是线程安全的。 迭代器的规范说，不能在迭代它的同时修改一 ...
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2018-06-18 23:17:40
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阅读目录 1. 学习方式 1.1 监督式学习 1.2 非监督式学习 1.3 半监督式学习 1.4 强化学习 2. 算法分类 2.1 回归算法 2.2 基于实例的算法 2.3 正则化方法 2.4 决策树学习 2.5 贝叶斯方法 2.6 基于核的算法 2.7 聚类算法 2.8 关联规则学习 2.9 遗传 ...
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2018-06-18 11:49:57
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传送门 题目描述 Tiger最近被公司升任为营业部经理，他上任后接受公司交给的第一项任务便是统计并分析公司成立以来的营业情况。 Tiger拿出了公司的账本，账本上记录了公司成立以来每天的营业额。分析营业情况是一项相当复杂的工作。由于节假日，大减价或者是其他情况的时候，营业额会出现一定的波动，当然一定 ...
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2018-05-12 02:54:03
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我们平常多见的基因突变热图是一个基因一个格子，一种突变类型，但实际上在同一个病人中，同一个基因往往具有多种突变类型，因此传统的热图绘制工具并不能满足我们绘图的需要。应研究需要，本人自己写了一个热图绘制函数，内部调用image 进行热图的绘制， barplot进行直方图绘制， ...
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2018-05-07 21:46:31
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一、全局函数作用域（把变量的声明和函数的声明放在前面） 作用域(scope)：一条数据可以在哪个范围中使用。 通常来说，一段程序代码中所用到的数据并不总是有效/可用的，而限定这个数据的可用性的代码范围就是这个名字的作用域。作用域的使用提高了程序逻辑的局部性，增强程序的可靠性，减少名字冲突。 变量(数 ...
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2018-05-04 14:26:27
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二次突变假说是由诺丁在1953年提出的，他发现似乎随着年龄的增长，患有癌症的概率有上升。对这种现象有一种解释，即癌症的发生需要多个突变的累积。 克努森在1971通过研究正式地提出该观点。他对具有遗传性的眼癌进行研究，发现除了遗传性的眼癌外，还有零星的正常人也会患有眼癌，只是正常人患有眼癌的时间会大大 ...
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2018-04-18 11:49:17
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参考自：数字图像处理第三版-冈萨勒斯 锐化处理的主要目的是突出灰度的过渡部分。增强边缘和其他突变（噪声），削弱灰度变化缓慢的区域。 注意：垂直方向是x，水平方向是y 基础 图像模糊可用均值平滑实现。因均值处理与积分类似，在逻辑上，我们可以得出锐化处理可由空间微分来实现。微分算子的响应强度与图像的突变 ...
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2018-04-09 11:18:45
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https://www.jianshu.com/p/6284f57664b9 目前对于variant进行注释的软件主要有4个: Annovar, SnpEff, VEP(variant Effect Predictor), Oncotator, 选择合适的软件注释variants对于下游分析是很关键 ...
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2018-04-06 12:31:13
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变量名约束 变量名称应为字母，数字和下划线。 变量应始终以字母开头。 变量名不应与python属性和方法名冲突。 变量使用 通过命令行传递变量（extra vars） ansible-playbook release.yml -e "user=starbuck" 在 inventory 中定义变量（ ...
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2018-03-26 16:07:15
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