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1. 额外开销：
每个索引占据一定的存储空间，在进行插入，更新和删除操作时也需要对索引进行操作。所以，如果你很少对集合进行读取操作，建议不使用索引。
2. 内存使用：
由于索引是存储在内存(RAM)中,你应该确保该索引的大小不超过内存的限制。如果索引的大小大于内存的限制，MongoDB会删除一些索引，这将导致性能下降。
3. 查询限制：
索引不能被以下的查询使用：
正则表达式及非操作符，如 $nin, $not, 等。
算术运算符，如 $mod, 等。
$where 子句
所以，检测你的语句是否使用索引是一个好的习惯，可以用explain来查看。
4. 索引键限制：
从2.6版本开始，如果现有的索引字段的值超过索引键的限制，MongoDB中不会创建索引。
5. 插入文档超过索引键限制：
如果文档的索引字段值超过了索引键的限制，MongoDB不会将任何文档转换成索引的集合。
6. 最大范围
集合中索引不能超过64个
索引名的长度不能超过125个字符
一个复合索引最多可以有31个字段
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原文地址：http://www.cnblogs.com/wujuntian/p/5297660.html
