在MySQL数据库中，如果不指定innodb_file_per_table=1参数单独保存每个表的数据，MySQL的数据都会存放在ibdata1文件里，时间久了这个文件就会变的非常大。
下面是参考网上的一些资料，把数据分别保存在各数据库子目录里的方法，这样新产生的ibdata1文件就不会太大了。下面是在Ubuntu 14.04.12 x64，MySQL5.5上对ibdata1进行瘦身，操作过程的整理。
1、备份数据库中的数据。
mysqldump -u root -p --extended-insert --all-databases --add-drop-database --disable-keys --flush-privileges --quick --routines --triggers > /home/all-database.sql
//有的文档用的是这样的参数：mysqldump -q -uroot -p --add-drop-table --all-databases --events >/home/all-database.sql
如果ibdata1上百GB，备份过程可能需要几小时。
2、停止MySQL服务。
service mysql stop
3、删除ibdata1、ib_logfile*等文件
mv ibdata1 ibdata1.20160419
mv ib_logfile0 ib_logfile0.20160420
mv ib_logfile1 ib_logfile1.20160420
4、修改my.cnf配置文件
vi /etc/mysql/my.cnf
在[mysqld]子项下增加如下配置：
innodb_file_per_table = 1
5、删除MySQL、performance_schema之外的所有数据库
cd /var/lib/mysql
rm -rf zabbix
服务器上只有Zabbix数据库。
6、重启MySQL服务
service mysql start
ps -ef|grep mysql
7、恢复数据（重新导入数据）
mysql -u root -p
Enter password:
>source /home/all-databaes.sql
>exit
//有的文档用这样的命令格式：mysql -uroot -p < /home/all-database.sql
Enter password:
其中的/home/all-database.sql即为第一步备份生成的文件，如果原来数据库中数据较多，还原过程可能会持续较长时间，请耐心等待还原完成。如果超过30个小时还没完成，可能要考虑中止恢复数据操作，先清除一部分table中的数据，从步骤1重新开始。如果table中记录特多又可以全部删除，用truncate <tablename>速度比较快。
经过以上几步后，可以看到新的ibdata1文件就只有几十兆了，数据及索引都变成了针对单个表的小
ibd文件了，它们在相应数据库的文件夹下面。
百度文库中有篇文档“解决ibdata1文件过大问题操作手册”写的更详细。链接为：http://wenku.baidu.com/link?url=2qj73zDqwLwNIAPg6tB60c20wAE6a_2IIcJ8fGb2EUk0rmRdxqq2Wc0yAgnx7hoJ-dICC4rzhC9I0rWdgLVV-avatmeuCh74JxRE22NE4N_
原文地址：http://happy366.blog.51cto.com/2203682/1766628
