python生成20个随机的DNA fasta格式文件

标签：python 随机 序列 dna

生成20个随机的文件， 由于没有用到hash名字，文件名有可能会重复

每个文件中有30-50条序列

每条序列的长度为70-120个碱基

import os
import random
import string

print (dir(string))

letter = string.ascii_letters

os.chdir("D:\\")

bases = {1:"A", 2:"T", 3:"C", 4:"G"}


## Test random module , get random DNA base

Nth = random.randint(1,4)

print (bases[Nth])

## Create random DNA sequences

for i in range(20):
    Number_of_Seq = random.randint(30,50)
    filename = letter[i]
    with open("Sequences"+filename +               str(Number_of_Seq)+ ".fasta", "w") as file_output:
        for j in range(Number_of_Seq):
            each_Seq=""
            Rand_len = random.randint(70,120)
            for k in range(Rand_len):
                Nth = random.randint(1,4)
                each_Seq += bases[Nth]

            file_output.write(">seq_"+str(Number_of_Seq)+                               "_"+str(Rand_len)+"\n")
            file_output.write(each_Seq+"\n")

python生成20个随机的DNA fasta格式文件

标签：python 随机 序列 dna

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