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自从AndroidStudio更新到2.2，就有了CMake和传统JNI两种开发NDK的方法，主要就是在目录结构和build.gradle上的区别，下面我们将分别介绍目录区别和build.gradle种配置的区别（提示：在第一次用CMake时，最好在新建项目时勾选Include C++ Support，这样这个项目的NDK开发就是CMake方式，这估计也是Android以后主推的方式，建好项目，熟悉CMake方式的目录结构，这样对以后建普通项目再转CMake开发NDK有很大帮助，后面会讲到普通项目转NDK开发）
传统JNI:
CMake：
这两种方式在目录上的区别就是两点：
1.以前的jni目录改成cpp，位置不变
2.之前对c文件的编译配置Android.mk文件放在jni目录下，现在改成CMakeLists.txt文件
（提示：其实Android.mk文件和CMakeLists.txt可以放在任意目录下，不过最好放在当前工程目录下任意位置。后面说build.gradle配置区别就知道了）
CMake：
从上面两幅图可以发现，只有两个红框中的内容有区别，对于传统JNI，其实第二个红框中的内容可以不需要，它所有的配置都在
ndk{
moduleName "hello"
abiFilters "x86"
}
里面配置，Android.mk文件中的内容都不会起作用（提示：但是却不能删除它，在下面普通Android项目转NDK开发就知道），这点有区别于Eclipse开发环境。还有一点，传统JNI开发，需要在项目根目录下的gradle.properties文件中配置
android.useDeprecatedNdk=true
否则Build项目的时候会报错。
CMake的配置大部分都在CMakeLists.txt文件中配置，只有较少的一部分放到
cmake {
cppFlags "-std=c++11"
}
里面配置。CMake的语法规则可以百度。
对于普通Android项目，都可以通过鼠标右击选择Link C++ Project with Gradle转为NDK项目，
通过选择CMake或者ndk-build使开发NDK采用CMake或者JNI方法，不过此种转化方法必须符合CMake或者JNI的目录
结构，也就是说，在上图操作完成之前，必须先在项目中建好符合CMake或者JNI规则的目录，假如CMakeLists.txt
文件中有对xx.cpp/xx.c的引用，那么必须在cpp目录下新建好对应的xx.cpp/xx.c,同理，android.mk文件要是引
用cpp/c文件，那么就要在jni目录新建好对应得文件.(androidstudio2.2之后新建NDK项目只能得到CMake方式，
所以要想JNI开发，只能普通项目转)。
文章转自：http://blog.csdn.net/u012527560/article/details/51752070
AndroidStudio2.2 Preview3中NDK开发之CMake和传统 JNI在目录结构和配置文件上的区别（转载）
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原文地址：http://www.cnblogs.com/feijian/p/6307649.html
