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首先，进入千人基因组数据库的网站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/tools/1000genomes/
如下图所示，在数据库的框框里输入我们感兴趣的SNP，比如rs608139
搜索后出现如下界面，黄色区域是我们感兴趣的SNP，红色框框是不同国家和地区在该SNP对应的频率和个数。
千人基因组数据库包括的国家和地区如下表所示。
|
国家 |
Continent |
Population (Abb) |
|
中国，北京 |
Asian |
CHB |
|
日本,东京 |
Asian |
JPT |
|
中国,南方 |
Asian |
CHS |
|
越南 |
Asian |
KHV |
|
来自英国的印度泰卢固语人 |
Asian |
ITU |
|
孟加拉 |
Asian |
BEB |
|
中国傣族，西双版纳 |
Asian |
CDX |
|
来自英国的斯里兰卡泰米尔人 |
Asian |
STU |
|
古吉拉特印度人，来自休斯敦，德克萨斯 |
Asian |
GIH |
|
巴基斯坦 |
Asian |
PJL |
|
秘鲁 |
South America |
PEL |
|
芬兰 |
Europe |
FIN |
|
美国洛杉矶人，墨西哥祖先 |
North America |
MXL |
|
犹他州(CEPH)，来自欧洲北部和西部的血统 |
North America （ Europe ancestry） |
CEU |
|
托斯卡尼 |
Europe |
TSI |
|
来自英国和苏格兰的英国人 |
Europe |
GBR |
|
来自麦德林的哥伦比亚人，哥伦比亚 |
South America |
CLM |
|
在西班牙的伊比利亚人 |
Europe |
IBS |
|
波多黎各 |
North America |
PUR |
|
非洲血统的美国人 |
North America(African Ancestry) |
ASW |
|
非洲加勒比地区 |
America |
ACB |
|
冈比亚人 |
Africa |
GWD |
|
埃桑人，尼日利亚 |
Africa |
ESN |
|
肯尼亚 |
Africa |
LWK |
|
在塞拉利昂（非洲）曼德人 |
Africa |
MSL |
|
约鲁巴人，尼日利亚 |
Africa |
YRI |
利用千人基因组数据库查看SNP在不同地区、国家、洲的频率及个数
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原文地址：http://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/6701387.html
