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1.fastqc是在Java环境下运行的；所以在安装fastqc之前，Linux下要有相应的Java运行环境（JRE）.且java的版本应该在1.8.0版以上
2.java的安装：下载最新版本的Java，注意要下载带有JRE的版本。
3.解压：tar -zxvf java.tar.gz
4.cd java-1.8.0
5.进入java-1.8.0的目录，可以看到里面有一个叫jre的文件夹，jre里面有bin和lib子文件夹，将此二者的路径添加到.bashrc环境变量文件当中。就可以在任何路径下运行jre环境啦。
6.在下列网站上下载对应的fastqc压缩包：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html#fastqc
7.解压缩：unzip fastqc.zip
8.解压缩后生成了一个名为：fastqc的文件
9.cd FastQC 进入fastqc文件，可以看到里面有一个fastqc执行文件，
10.chmod 755 fastqc(更改fastqc的权限设置)
11. ./fastqc即可运行fastqc程序。如想要在任何目录下运行fastqc程序，则需将fastqc程序的路径添加至环境变量.bashrc中即可。
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原文地址：http://www.cnblogs.com/lmt921108/p/6900416.html
