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为了在R中读写HDF5文件，需要安装rhdf5包。常规方法是在R中运行：> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite("rhdf5")
但是这样会自动连国外的服务器下载安装所需的软件包。而我的改进方法如下：
1、用浏览器访问http://bioconductor.org/biocLite.R，将文件保存到本地
2、编辑本地的biocLite.R, 将第三行和第八行的注释符去掉，内容改为：
options("repos" = c(CRAN="http://mirror.bjtu.edu.cn/cran"))
options("BioC_mirror" = "http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
这样就会连国内的服务器下载包，速度会比较快。
3、在R中运行
> source("biocLite.R")
> biocLite("rhdf5")
即可安装rhdf5包。
另外安装时可能碰到报错：installed directory not writable,cannot update packages...
我的解决办法是以管理员身份启动R运行环境或RStudio，再进行安装。
Win7中(RHDF5)bioConduct安装技巧及installed directory not writable问题解决
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原文地址：http://blog.csdn.net/seaward/article/details/38898207
