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出现“java.lang.AssertionError: SAM dictionaries are not the same”报错

时间:2017-06-17 18:20:45      阅读:182      评论:0      收藏:0      [点我收藏+]

标签:class   ica   ase   说明   xmx   pre   seq   文件   err   

运行一下程序时出现“java.lang.AssertionError: SAM dictionaries are not the same”报错

java -jar picard.jar SortVcf     I=1000G_phase1.indels.hg19.sites.vcf     O=1000G_phase1.indels.hg19.sites.sorted.vcf     SEQUENCE_DICTIONARY=hg19.dict

  说明要先更新hg19.dict,在做上步之前,先运行如下命令:

java -jar picard.jar UpdateVcfSequenceDictionary     I=1000G_phase1.indels.hg19.sites.vcf     O=1000G_phase1.indels.hg19.sites.dic.vcf     SEQUENCE_DICTIONARY=hg19.dict

  运行完后,会得到1000G_phase1.indels.hg19.sites.dic.vcf文件

       再输入如下命令:

java -Xmx60g -jar picard.jar SortVcf     I=1000G_phase1.indels.hg19.sites.dic.vcf    O=1000G_phase1.indels.hg19.sites.sorted.vcf     SEQUENCE_DICTIONARY=hg19.dict

  

出现“java.lang.AssertionError: SAM dictionaries are not the same”报错

标签:class   ica   ase   说明   xmx   pre   seq   文件   err   

原文地址:http://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/7040852.html

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