标签：log val com 增加 levels rar 水平线 heat 2-2
profile="Pos;H3K27ac -5000;8.7 -4000;8.4 -3000;8.3 -2000;7.2 -1000;3.6 0;3.6 1000;7.1 2000;8.2 3000;8.4 4000;8.5 5000;8.5"
profile_text <- read.table(text=profile, header=T, row.names=1, quote="",sep=";")
# 在melt时保留位置信息
# melt格式是ggplot2画图最喜欢的格式
# 好好体会下这个格式，虽然多占用了不少空间，但是确实很方便
# 这里可以用 `xvariable`，也可以是其它字符串，但需要保证后面与这里的一致
# 因为这一列是要在X轴显示，所以起名为`xvariable`。
profile_text$xvariable = rownames(profile_text)
library(ggplot2)
library(reshape2)
data_m <- melt(profile_text, id.vars=c("xvariable"))
data_m
xvariable variable value
1 -5000 H3K27ac 8.7
2 -4000 H3K27ac 8.4
3 -3000 H3K27ac 8.3
4 -2000 H3K27ac 7.2
5 -1000 H3K27ac 3.6
6 0 H3K27ac 3.6
7 1000 H3K27ac 7.1
8 2000 H3K27ac 8.2
9 3000 H3K27ac 8.4
10 4000 H3K27ac 8.5
11 5000 H3K27ac 8.5
# variable和value为矩阵melt后的两列的名字，内部变量, variable代表了点线的属性，value代表对应的值。 p <- ggplot(data_m, aes(x=xvariable, y=value), color=variable) + geom_line() # 图会存储在当前目录的Rplots.pdf文件中，如果用Rstudio，可以不运行dev.off() dev.off()
geom_path: Each group consists of only one observation.Do you need to adjust the group aesthetic?
p <- ggplot(data_m, aes(x=xvariable, y=value, color=variable, group=variable)) + geom_line() + theme(legend.position=c(0.1,0.9)) p
summary(data_m) xvariable variable Length:11 H3K27ac:11 Class :character Mode :character
data_m$xvariable <- as.numeric(data_m$xvariable) #再检验下 is.numeric(data_m$xvariable) [1] TRUE
# 注意断行时，加号在行尾，不能放在行首
p <- ggplot(data_m, aes(x=xvariable, y=value,color=variable,group=variable)) +
geom_line() + theme(legend.position=c(0.1,0.8))
p
p <- ggplot(data_m, aes(x=xvariable, y=value,color=variable,group=variable)) +
geom_line() + stat_smooth(method="auto", se=FALSE) +
theme(legend.position=c(0.1,0.8))
p
p <- ggplot(data_m, aes(x=xvariable, y=value,color=variable,group=variable)) +
stat_smooth(method="auto", se=FALSE) + theme(legend.position=c(0.1,0.8))
p
profile = "Pos;h3k27ac;ctcf;enhancer;h3k4me3;polII
-5000;8.7;10.7;11.7;10;8.3
-4000;8.4;10.8;11.8;9.8;7.8
-3000;8.3;10.5;12.2;9.4;7
-2000;7.2;10.9;12.7;8.4;4.8
-1000;3.6;8.5;12.8;4.8;1.3
0;3.6;8.5;13.4;5.2;1.5
1000;7.1;10.9;12.4;8.1;4.9
2000;8.2;10.7;12.4;9.5;7.7
3000;8.4;10.4;12;9.8;7.9
4000;8.5;10.6;11.7;9.7;8.2
5000;8.5;10.6;11.7;10;8.2"
profile_text <- read.table(text=profile, header=T, row.names=1, quote="",sep=";")
profile_text$xvariable = rownames(profile_text)
data_m <- melt(profile_text, id.vars=c("xvariable"))
data_m$xvariable <- as.numeric(data_m$xvariable)
# 这里group=variable，而不是group=1 (如果上面你用的是1的话)
# variable和value为矩阵melt后的两列的名字，内部变量, variable代表了点线的属性，value代表对应的值。
p <- ggplot(data_m, aes(x=xvariable, y=value,color=variable,group=variable)) + stat_smooth(method="auto", se=FALSE) + theme(legend.position=c(0.85,0.2))
p
profile = "Pos;h3k27ac;ctcf;enhancer;h3k4me3;polII
-5000;8.7;10.7;11.7;10;8.3
-4000;8.4;10.8;11.8;9.8;7.8
-3000;8.3;10.5;12.2;9.4;7
-2000;7.2;10.9;12.7;8.4;4.8
-1000;3.6;8.5;12.8;4.8;1.3
0;3.6;8.5;13.4;5.2;1.5
1000;7.1;10.9;12.4;8.1;4.9
2000;8.2;10.7;12.4;9.5;7.7
3000;8.4;10.4;12;9.8;7.9
4000;8.5;10.6;11.7;9.7;8.2
5000;8.5;10.6;11.7;10;8.2"
profile_text <- read.table(text=profile, header=T, row.names=1, quote="",sep=";")
profile_text_rownames <- row.names(profile_text)
profile_text$xvariable = rownames(profile_text)
data_m <- melt(profile_text, id.vars=c("xvariable"))
# 就是这一句，会经常用到
data_m$xvariable <- factor(data_m$xvariable, levels=profile_text_rownames, ordered=T)
# geom_line设置线的粗细和透明度
p <- ggplot(data_m, aes(x=xvariable, y=value,color=variable,group=variable)) + geom_line(size=1, alpha=0.9) + theme(legend.position=c(0.85,0.2)) + theme(axis.text.x=element_text(angle=45,hjust=1, vjust=1))
# stat_smooth
#p <- ggplot(data_m, aes(x=xvariable, y=value,color=variable,group=variable)) + stat_smooth(method="auto", se=FALSE) + theme(legend.position=c(0.85,0.2)) + theme(axis.text.x=element_text(angle=45,hjust=1, vjust=1))
p
到此完成了线图的基本绘制，虽然还可以，但还有不少需要提高的地方，比如在线图上加一条或几条垂线、加个水平线、修改X轴的标记(比如0换为TSS)、设置每条线的颜色等。
标签：log val com 增加 levels rar 水平线 heat 2-2
原文地址：http://www.cnblogs.com/freescience/p/7451166.html
