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FUNGulid = Fungi + Functional + Guild , 是一个真菌的功能注释的数据库，目前数据库中涵盖了超过12000个真菌的功能注释信息；
网址如下：
http://www.stbates.org/guilds/app.php
对于数据库而言，最直接的就是看一下数据库中存储的字段信息；
点击下面的链接，可以返回FUNGuild 数据库中所有的记录，返回的文件格式是json,
这种格式是网络中数据传输的标准格式，但是对于我们来讲看起来不够直观，可以通过脚本语言处理，格式化成表格形式，
如何编程处理就不细说，直接看结果：
各个字段的信息解释如下：
taxon : 物种名称，和NCBI Taxonomy 数据库中的一致
taxonomicLevel ：物种名称对应的界，门，纲，目，科，属，种 分类学水平，这里用数字标识; 0 = keyword, 3 = Phylum, 4 = Subphylum, 5 = Class, 6 = Subclass, 7 = Order, 8 = Suborder, 9 = Family, 10 = Subfamily, 11 = Tribe, 12 = Subtribe, 13 = Genus, 15 = Subgenus, 16 = Section, 17 = Subsection, 18 = Series , 19 = Subseries, 20 = Species, 21 = Subspecies, 22 = Variety, 23 = Subvariety, 24 = Form, 25 = Subform, 26 = Form Species
trophicMode : 字面意思，营养方式，共有3大类，第一类 Pathotroph， 病理寄生，从宿主细胞中接受养分，并对宿主细胞有不利的影响，损人利己型，比如寄生在活体上的真菌；第二类Saprotroph； 腐生，生活环境为枯枝落叶或者有机质含量丰富的土壤，典型的是蘑菇类真菌；第三类， Symbiotroph，共生型，和宿主交换养分，比如地衣；
guild : 对trophicMode 分类系统的补充，更加细分，
在Pathotroph 下，又细分成
Animal Pathogen : 动物病原菌
Plant Pathogen ： 植物病原菌（这里应该是特指高等植物）
Fungal Parasite ：真菌寄生菌
Lichen Parasite ：地衣寄生菌
Bryophyte Parasite：苔藓植物寄生菌
Clavicipitaceous Endophyte ： 内生真菌
在Saprotroph 下，又细分成
Dung Saprotroph ：排泄物腐生菌（如粪便）
Leaf Saprotroph ： 叶子腐生菌
Plant Saprotroph ： 植物腐生菌 （生长环境多腐败的植物）
Soil Saprotroph ：土壤腐生菌
Wood Saprotroph ：木质腐生菌
在Symbiotroph 下，又细分：
Ectomycorrhizal ：外生菌根
Ericoid Mycorrhizal : 杜鹃花类菌根
Endophyte, Epiphyte :
Lichenized : 地衣共生菌
Confidence Ranking: 可信度， "Highly Probable" (= absolutely certain), "Probable" (= fairly certain), "Possible" (= suspected but not proven, conflicting reports given, etc.)
growthFrom: 生长形态
trait: 形状：
notes : 注意事项
ciationSource : 相关文献
可以看到这里的 guild 字段就是对真菌功能的一个细致划分，基于我们测序得到的真菌序列，就可以进行Guild 的功能注释：
FUNGuild 数据库提供了在线的工具进行功能注释，输入文件为otu 注释的表格，链接如下：
http://www.stbates.org/guilds/app.php
otu 注释表格示例如下：
前面为otu丰度表，最后一列为otu 注释信息；
把这样一张otu 注释表格，上传上去，就可以分析了，但是我测试了几遍，发现都报错了，可能是后台的程序有问题吧
不过没关系，FUNGuild 还提供了python 脚本，从本地进行注释
链接如下：https://raw.githubusercontent.com/UMNFuN/FUNGuild/master/Guilds_v1.1.py
python Guilds_v1.1.py -h
usage: Guilds_v1.1.py [-h] [-otu OTU] [-m] [-u] [-db {fungi,nematode}]
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
-otu OTU Path and file name of the OTU table. The script will
try to detect the delimiterin the file, but tab or csv
are preferred formats.
-m, --matched Ask the script to output a otu table with function
assigned OTUs
-u, --unmatched Ask the script to output a otu table with function
assigned OTUs
-db {fungi,nematode} Assign a specified database to the script
用法很简单，-otu 指定otu表格，-db 指定数据库，我们肯定是用fungi
测试命令如下：
python Guilds_v1.1.py -otu otu.table -db fungi
运行过程打印如下信息：
FunGuild v1.0 Beta Connecting with FUNGuild database ... Reading in the OTU table: ‘otu.table‘ Searching the FUNGuild database... 10% 20% 30% 40% 50% 60% 70% 80% 90% 100% Found 4 matching taxonomy records in the database. Dereplicating and sorting the result... FunGuild tried to assign function to 10 OTUs in ‘otu.table‘. FUNGuild made assignments on 4 OTUs. Result saved to ‘otu.guilds.txt‘ Total calculating time: 17.45 seconds.
最终结果保存在 otu.guilds.txt 中，文件内容如下：
前几列就是otu,table文件中的内容，只不过对于每个otu,在后面追加了注释信息
官方提供的 Guilds_v1.1.py 脚本需要和在线数据库交换数据，运行时需要联网，还需要注意的是，otu.table 文件的格式，必须有一列表头为Taxonomy, 第一列OTU_ID 前面不能加#
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原文地址：http://www.cnblogs.com/xudongliang/p/7520218.html
