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一、Eclipse关联cygwin

1. 工程->右击选择Properties->选择Builders，在Builders中选择New创建一个Program

2. 参数配置

二、Eclipse关联ndk-build（自建Builder方法）

 1. Project->Properties->Builders->New，新建一个Builder

 2. 参数配置

2.1 Main

①Name：NDK_Builder

②Location为ndk-build.cmd的路径，可以如图所示绝对路径，也可以以环境变量的形式，即 ${ANDROID_NDK}\ndk-build.cmd，其中ANDROID_NDK为配置的NDK路径

③Working Directory，为当前的工程下。

这里的${}的表达是使用了EC的环境变量，可以使用Variables...按钮找到一些3 EC的环境变量。 

对于Linux上的配置，和这里的配置一样，只是把Location的地址改为ndk-build即可

2.2 Refresh

2.3 Build Options

注：Linux环境下只需修改ndk-build.cmd为ndk-build即可

三、Eclipse关联ndk-build（利用CDT的方法）

 1. 前期准备：Eclipse环境+Android环境+Eclipse C/C++环境

 2. 编写Android JAVA/JNI代码，可参考OpenCV实例1

 3. 将Android项目转换为C/C++项目（使其具备C++属性），如下图，New -> Other -> C/C++ -> Convert to a C/C++ Project.

 4. 配置NDK编译路径，Project->Properties，如下图，其中Build-Command中ANDROID_NDK为环境变量中配置的Android-NDK路径；Build-Directory为当前工程目录

 5. 配置工程属性，Project->Properties，如下图，本例以OpenCV为例，其中CNU C和GNU C++中配置的是OpenCV的链接库

6.配置NDK_MODULE_PATH,如下图

Eclipse自动编译NDK/JNI的三种方法

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原文地址：http://www.cnblogs.com/windeer/p/7660600.html