【BZOJ1264】[AHOI2006]基因匹配Match DP+树状数组

Description

基因匹配（match）卡卡昨天晚上做梦梦见他和可可来到了另外一个星球，这个星球上生物的DNA序列由无数种碱基排列而成（地球上只有4种），而更奇怪的是，组成DNA序列的每一种碱基在该序列中正好出现5次！这样如果一个DNA序列有N种不同的碱基构成，那么它的长度一定是5N。卡卡醒来后向可可叙述了这个奇怪的梦，而可可这些日子正在研究生物信息学中的基因匹配问题，于是他决定为这个奇怪星球上的生物写一个简单的DNA匹配程序。为了描述基因匹配的原理，我们需要先定义子序列的概念：若从一个DNA序列（字符串）s中任意抽取一些碱基（字符），将它们仍按在s中的顺序排列成一个新串u，则称u是s的一个子序列。对于两个DNA序列s1和s2，如果存在一个序列u同时成为s1和s2的子序列，则称u是s1和s2的公共子序列。卡卡已知两个DNA序列s1和s2，求s1和s2的最大匹配就是指s1和s2最长公共子序列的长度。 [任务] 编写一个程序： ? 从输入文件中读入两个等长的DNA序列； ? 计算它们的最大匹配； ? 向输出文件打印你得到的结果。

Input

输入文件中第一行有一个整数N，表示这个星球上某种生物使用了N种不同的碱基，以后将它们编号为1…N的整数。以下还有两行，每行描述一个DNA序列：包含5N个1…N的整数，且每一个整数在对应的序列中正好出现5次。

Output

输出文件中只有一个整数，即两个DNA序列的最大匹配数目。

Sample Input

2
1 1 2 2 1 1 2 1 2 2
1 2 2 2 1 1 2 2 1 1

Sample Output

HINT

[数据约束和评分方法]
60%的测试数据中：1<=N <= 1 000
100%的测试数据中：1<=N <= 20 000

题解：回忆求最长公共子序列的过程，转移矩阵差分后实际上就是一个01矩阵，我们将1看成二位平面上的一堆点，然后就变成了一条路径最多能经过多少个点。由于本题的特殊性质，点数=25N，所以用树状数组即可。

#include <cstdio> #include <cstring> #include <iostream> using namespace std; const int maxn=100010; int n; int a[maxn],b[maxn],p[maxn][7],s[maxn]; inline void updata(int x,int val) { for(int i=x;i<=5*n;i+=i&-i) s[i]=max(s[i],val); } inline int query(int x) { int i,ret=0; for(i=x;i;i-=i&-i) ret=max(ret,s[i]); return ret; } inline int rd() { int ret=0,f=1; char gc=getchar(); while(gc<‘0‘||gc>‘9‘) {if(gc==‘-‘) f=-f; gc=getchar();} while(gc>=‘0‘&&gc<=‘9‘) ret=ret*10+gc-‘0‘,gc=getchar(); return ret*f; } int main() { int i,j,v; n=rd(); for(i=1;i<=5*n;i++) v=rd(),p[v][++p[v][0]]=i; for(i=1;i<=5*n;i++) { v=rd(); for(j=5;j>=1;j--) updata(p[v][j],query(p[v][j]-1)+1); } printf("%d",query(5*n)); return 0; }