标签：正则表达 none pil 编码 ast python 写法 span print
因为fasta文件格式通常为
>name1
ATGATAGTGTCTGTAGCTGACTGT
AGTGCTGTAGATAGCTAGCTAGTC
>name2
AGTCGATCGTAGTAGCTAGCTAGC
AGTCGATGCTAGCTAGCTACGAAA
需要识别每次以‘>‘开头的行来区分每段编码达到处理单条序列的目的，因此需要使用正则表达式来识别每次的名字行
1.规规矩矩的写法
import re for line in open("aa.fasta"): line = line.strip(‘\n‘) regex = re.compile(‘^>‘) m = re.match(regex,line) if m is not None: print line
输出为所有开头为‘>‘的行
2.可以把regex那行省略
import re for line in open("aa.fasta"): line = line.strip(‘\n‘) m = re.match(‘^>‘,line) if m is not None: print line
3.还可以把m省略
import re for line in open("aa.fasta"): line = line.strip(‘\n‘) if re.match(‘^>‘,line) is not None: print line
以上三种输出结果相同，都是输出以‘>‘开头的名字那行。
标签：正则表达 none pil 编码 ast python 写法 span print
原文地址：https://www.cnblogs.com/artesian0526/p/9267402.html
