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python实现DNA序列字符串转换,互补链,反向链,反向互补链

时间:2018-07-18 21:37:18      阅读:389      评论:0      收藏:0      [点我收藏+]

标签:python3   turn   获取   div   字典   try   style   let   pre   

 

在生物信息学分析中,经常对DNA序列进行一系列操作,包括子序列截取,互补序列获取,反向序列获取,反向互补序列获取。在python语言中,可编写如下函数完成这些简单功能。

子序列截取

python中对序列截取使用字符串切片功能就可以完成,例如:

>>> seq="ATGATATAGtatatatgCAAGAGg"
>>> subseq = seq[1:6]
>>> subseq
"TGATA"

 

注意,切片操作是“0-base”的,包左不包右。

互补序列获取

比较常见的做法是定义一个碱基替换字典,如下所示:

def complement(s):
    basecomplemt = {
         "A":"T",
          "T":"A",
          "G":"C",
          "C":G",
          "a":"t",
          "t":"a",
          "g":"c",
          "c":"g",
          }
    letters = list(s)
    letters = [basecomplement[base] for base in letters]
    return ‘‘.join(letters)

 

使用python3字符串使用的translate方法

def complement(seq):
    return seq.translate(str.maketrans(ACGTacgtRYMKrymkVBHDvbhd, TGCAtgcaYRKMyrkmBVDHbvdh))

 

python2 string包中的maketrans方法

from string import maketrans

def complement(seq):
    return seq.translate(maketrans(ACGTacgtRYMKrymkVBHDvbhd, TGCAtgcaYRKMyrkmBVDHbvdh))

 

反向互补序列获取

def revcomp(seq): 
    return complement(seq)[::-1]

参考资料

DNA反向互补序列获取

python实现DNA序列字符串转换,互补链,反向链,反向互补链

标签:python3   turn   获取   div   字典   try   style   let   pre   

原文地址:https://www.cnblogs.com/yahengwang/p/9332561.html

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