标签：python3 turn 获取 div 字典 try style let pre
在生物信息学分析中，经常对DNA序列进行一系列操作，包括子序列截取，互补序列获取，反向序列获取，反向互补序列获取。在python语言中，可编写如下函数完成这些简单功能。
python中对序列截取使用字符串切片功能就可以完成，例如：
>>> seq="ATGATATAGtatatatgCAAGAGg" >>> subseq = seq[1:6] >>> subseq "TGATA"
注意，切片操作是“0-base”的，包左不包右。
比较常见的做法是定义一个碱基替换字典，如下所示：
def complement(s)： basecomplemt = { "A":"T", "T":"A", "G":"C", "C":G", "a":"t", "t":"a", "g":"c", "c":"g", } letters = list(s) letters = [basecomplement[base] for base in letters] return ‘‘.join(letters)
使用python3字符串使用的translate方法
def complement(seq): return seq.translate(str.maketrans(‘ACGTacgtRYMKrymkVBHDvbhd‘, ‘TGCAtgcaYRKMyrkmBVDHbvdh‘))
或python2 string包中的maketrans方法
from string import maketrans def complement(seq): return seq.translate(maketrans(‘ACGTacgtRYMKrymkVBHDvbhd‘, ‘TGCAtgcaYRKMyrkmBVDHbvdh‘))
def revcomp(seq): return complement(seq)[::-1]
python实现DNA序列字符串转换，互补链，反向链，反向互补链
标签：python3 turn 获取 div 字典 try style let pre
原文地址：https://www.cnblogs.com/yahengwang/p/9332561.html
