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SHAP:Python的可解释机器学习库

时间:2021-03-04 13:17:06      阅读:0      评论:0      收藏:0      [点我收藏+]

标签:线性模型   蓝色   sof   form   time()   https   目标变量   xpl   class   

 

SHAP介绍

可解释机器学习在这几年慢慢成为了机器学习的重要研究方向。作为数据科学家需要防止模型存在偏见,且帮助决策者理解如何正确地使用我们的模型。越是严苛的场景,越需要模型提供证明它们是如何运作且避免错误的证据

关于模型解释性,除了线性模型和决策树这种天生就有很好解释性的模型意外,sklean中有很多模型都有importance这一接口,可以查看特征的重要性。其实这已经含沙射影地体现了模型解释性的理念。只不过传统的importance的计算方法其实有很多争议,且并不总是一致。有兴趣可以之后阅读相关文章 permutation importance、 interpretable_with_xgboost

SHAP是Python开发的一个"模型解释"包,可以解释任何机器学习模型的输出。其名称来源于SHapley Additive exPlanation,在合作博弈论的启发下SHAP构建一个加性的解释模型,所有的特征都视为“贡献者”。对于每个预测样本,模型都产生一个预测值,SHAP value就是该样本中每个特征所分配到的数值。

假设第i个样本为xi,第i个样本的第j个特征为xi_j,模型对该样本的预测值为yi,整个模型的基线(通常是所有样本的目标变量的均值)为y_base,那么SHAP value服从以下等式:

技术图片

其中f(x_ij)为x_ij的SHAP值。直观上看,f(xi,1)就是第i个样本中第1个特征对最终预测值yi的贡献值,当f(xi,1)>0,说明该特征提升了预测值,也正向作用;反之,说明该特征使得预测值降低,有反作用。

传统的feature importance只告诉哪个特征重要,但我们并不清楚该特征是怎样影响预测结果的。SHAP value最大的优势是SHAP能对于反映出每一个样本中的特征的影响力,而且还表现出影响的正负性。

通过pip install shap即可安装

import shap
shap.initjs()  # notebook环境下,加载用于可视化的JS代码

# 我们先训练好一个XGBoost model
X,y = shap.datasets.boston()
model = xgboost.train({"learning_rate": 0.01}, xgboost.DMatrix(X, label=y), 100)

Explainer

在SHAP中进行模型解释需要先创建一个explainer,SHAP支持很多类型的explainer(例如deep, gradient, kernel, linear, tree, sampling),我们先以tree为例,因为它支持常用的XGB、LGB、CatBoost等树集成算法。

explainer = shap.TreeExplainer(model)
shap_values = explainer.shap_values(X)  # 传入特征矩阵X,计算SHAP值

Local Interper

Local可解释性提供了预测的细节,侧重于解释单个预测是如何生成的。它可以帮助决策者信任模型,并且解释各个特征是如何影响模型单次的决策。

单个prediction的解释

SHAP提供极其强大的数据可视化功能,来展示模型或预测的解释结果。

# 可视化第一个prediction的解释   如果不想用JS,传入matplotlib=True
shap.force_plot(explainer.expected_value, shap_values[0,:], X.iloc[0,:])

技术图片

上图的"explanation"展示了每个特征都各自有其贡献,将模型的预测结果从基本值(base value)推动到最终的取值(model output);将预测推高的特征用红色表示,将预测推低的特征用蓝色表示

基本值(base_value)是我们传入数据集上模型预测值的均值,可以通过自己计算来验证:

y_base = explainer.expected_value
print(y_base)

pred = model.predict(xgboost.DMatrix(X))
print(pred.mean())

多个预测的解释

如果对多个样本进行解释,将上述形式旋转90度然后水平并排放置,我们可以看到整个数据集的explanations :

shap.force_plot(explainer.expected_value, shap_values, X)

技术图片

Global Interper

Global可解释性:寻求理解模型的overall structure(总体结构)。这往往比解释单个预测困难得多,因为它涉及到对模型的一般工作原理作出说明,而不仅仅是一个预测。

summary_plot

summary plot 为每个样本绘制其每个特征的SHAP值,这可以更好地理解整体模式,并允许发现预测异常值。每一行代表一个特征,横坐标为SHAP值。一个点代表一个样本,颜色表示特征值(红色高,蓝色低)。比如,这张图表明LSTAT特征较高的取值会降低预测的房价

# summarize the effects of all the features
shap.summary_plot(shap_values, X)

技术图片

Feature Importance:

之前提到传统的importance的计算方法效果不好,SHAP提供了另一种计算特征重要性的思路。

取每个特征的SHAP值的绝对值的平均值作为该特征的重要性,得到一个标准的条形图(multi-class则生成堆叠的条形图)

shap.summary_plot(shap_values, X, plot_type="bar")

技术图片

Interaction Values

interaction value是将SHAP值推广到更高阶交互的一种方法。树模型实现了快速、精确的两两交互计算,这将为每个预测返回一个矩阵,其中主要影响在对角线上,交互影响在对角线外。这些数值往往揭示了有趣的隐藏关系(交互作用)

shap_interaction_values = explainer.shap_interaction_values(X)
shap.summary_plot(shap_interaction_values, X)

技术图片

dependence_plot

为了理解单个feature如何影响模型的输出,我们可以将该feature的SHAP值与数据集中所有样本的feature值进行比较。由于SHAP值表示一个feature对模型输出中的变动量的贡献,下面的图表示随着特征RM变化的预测房价(output)的变化。单一RM(特征)值垂直方向上的色散表示与其他特征的相互作用,为了帮助揭示这些交互作用,“dependence_plot函数”自动选择另一个用于着色的feature。在这个案例中,RAD特征着色强调了RM(每栋房屋的平均房间数)对RAD值较高地区的房价影响较小。

# create a SHAP dependence plot to show the effect of a single feature across the whole dataset
shap.dependence_plot("RM", shap_values, X)

技术图片

其他类型的explainers

SHAP库可用的explainers有:

  • deep:用于计算深度学习模型,基于DeepLIFT算法
  • gradient:用于深度学习模型,综合了SHAP、集成梯度、和SmoothGrad等思想,形成单一期望值方程
  • kernel:模型无关,适用于任何模型
  • linear:适用于特征独立不相关的线性模型
  • tree:适用于树模型和基于树模型的集成算法
  • sampling :基于特征独立性假设,当你想使用的后台数据集很大时,kenel的一个很好的替代方案

Kernel Explainer:模型无关方法(解释任意模型)

kernel explainer适用于任何模型,但性能不一定是最优的,可能很慢;例如KNN算法只能使用kernel explainer

不过可以用K-mean聚类算法对数据集进行summarizing,这样可以有效提高kenel的速度(当然,会损失一些准确性)

# using kmeans
X_train_summary = shap.kmeans(X_train, 10)


t0 = time.time()
explainerKNN = shap.KernelExplainer(knn.predict, X_train_summary)
shap_values_KNN_train = explainerKNN.shap_values(X_train)
shap_values_KNN_test = explainerKNN.shap_values(X_test)
timeit=time.time()-t0
timeit

通过SHAP,用knn模型在整个"波士顿房价"数据集上跑完需要1个小时。如果我们牺牲一些精度,通过k-means聚类对数据进行summarizing,可以将时间缩短到3分钟

转载:https://zhuanlan.zhihu.com/p/83412330

 

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SHAP:Python的可解释机器学习库

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原文地址:https://www.cnblogs.com/webRobot/p/14476793.html

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