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K 均值是典型的基于距离的排他的划分方法:给定一个 n 个对象的数据集,它可以构建数据的 k 个划分,每个划分就是一个聚类,并且 k<=n,同时还需要满足两个要求:
每个组至少包含一个对象
每个对象必须属于且仅属于一个组。
K 均值的基本原理是这样的,给定 k,即要构建的划分的数目,
首先创建一个初始划分,随机地选择 k 个对象,每个对象初始地代表了一个簇中心。对于其他的对象,根据其与各个簇中心的距离,将它们赋给最近的簇。
然后采用一种迭代的重定位技术,尝试通过对象在划分间移动来改进划分。所谓重定位技术,就是当有新的对象加入簇或者已有对象离开簇的时候,重新计算簇的平均值,然后对对象进行重新分配。这个过程不断重复,直到没有簇中对象的变化。
当结果簇是密集的,而且簇和簇之间的区别比较明显时,K 均值的效果比较好。对于处理大数据集,这个算法是相对可伸缩的和高效的,它的复杂度是 O(nkt),n 是对象的个数,k 是簇的数目,t 是迭代的次数,通常 k<<n,且 t<<n,所以算法经常以局部最优结束。
K 均值的最大问题是要求用户必须事先给出 k 的个数,k 的选择一般都基于一些经验值和多次实验结果,对于不同的数据集,k 的取值没有可借鉴性。另外,K 均值对“噪音”和孤立点数据是敏感的,少量这类的数据就能对平均值造成极大的影响。
说了这么多理论的原理,下面我们基于 Mahout 实现一个简单的 K 均值算法的例子。如前面介绍的,Mahout 提供了基本的基于内存的实现和基于 Hadoop 的 Map/Reduce 的实现,分别是 KMeansClusterer 和 KMeansDriver,下面给出一个简单的例子,就基于我们在清单 1 里定义的二维点集数据。
// 基于内存的 K 均值聚类算法实现 public static void kMeansClusterInMemoryKMeans(){ // 指定需要聚类的个数,这里选择 2 类 int k = 2; // 指定 K 均值聚类算法的最大迭代次数 int maxIter = 3; // 指定 K 均值聚类算法的最大距离阈值 double distanceThreshold = 0.01; // 声明一个计算距离的方法,这里选择了欧几里德距离 DistanceMeasure measure = new EuclideanDistanceMeasure(); // 这里构建向量集,使用的是清单 1 里的二维点集 List<Vector> pointVectors = SimpleDataSet.getPointVectors(SimpleDataSet.points); // 从点集向量中随机的选择 k 个作为簇的中心 List<Vector> randomPoints = RandomSeedGenerator.chooseRandomPoints(pointVectors, k); // 基于前面选中的中心构建簇 List<Cluster> clusters = new ArrayList<Cluster>(); int clusterId = 0; for(Vector v : randomPoints){ clusters.add(new Cluster(v, clusterId ++, measure)); } // 调用 KMeansClusterer.clusterPoints 方法执行 K 均值聚类 List<List<Cluster>> finalClusters = KMeansClusterer.clusterPoints(pointVectors, clusters, measure, maxIter, distanceThreshold); // 打印最终的聚类结果 for(Cluster cluster : finalClusters.get(finalClusters.size() -1)){ System.out.println("Cluster id: " + cluster.getId() + " center: " + cluster.getCenter().asFormatString()); System.out.println(" Points: " + cluster.getNumPoints()); } } // 基于 Hadoop 的 K 均值聚类算法实现 public static void kMeansClusterUsingMapReduce () throws Exception{ // 声明一个计算距离的方法,这里选择了欧几里德距离 DistanceMeasure measure = new EuclideanDistanceMeasure(); // 指定输入路径,如前面介绍的一样,基于 Hadoop 的实现就是通过指定输入输出的文件路径来指定数据源的。 Path testpoints = new Path("testpoints"); Path output = new Path("output"); // 清空输入输出路径下的数据 HadoopUtil.overwriteOutput(testpoints); HadoopUtil.overwriteOutput(output); RandomUtils.useTestSeed(); // 在输入路径下生成点集,与内存的方法不同,这里需要把所有的向量写进文件,下面给出具体的例子 SimpleDataSet.writePointsToFile(testpoints); // 指定需要聚类的个数,这里选择 2 类 int k = 2; // 指定 K 均值聚类算法的最大迭代次数 int maxIter = 3; // 指定 K 均值聚类算法的最大距离阈值 double distanceThreshold = 0.01; // 随机的选择 k 个作为簇的中心 Path clusters = RandomSeedGenerator.buildRandom(testpoints, new Path(output, "clusters-0"), k, measure); // 调用 KMeansDriver.runJob 方法执行 K 均值聚类算法 KMeansDriver.runJob(testpoints, clusters, output, measure, distanceThreshold, maxIter, 1, true, true); // 调用 ClusterDumper 的 printClusters 方法将聚类结果打印出来。 ClusterDumper clusterDumper = new ClusterDumper(new Path(output, "clusters-" + maxIter -1), new Path(output, "clusteredPoints")); clusterDumper.printClusters(null); } //SimpleDataSet 的 writePointsToFile 方法,将测试点集写入文件里 // 首先我们将测试点集包装成 VectorWritable 形式,从而将它们写入文件 public static List<VectorWritable> getPoints(double[][] raw) { List<VectorWritable> points = new ArrayList<VectorWritable>(); for (int i = 0; i < raw.length; i++) { double[] fr = raw[i]; Vector vec = new RandomAccessSparseVector(fr.length); vec.assign(fr); // 只是在加入点集前,在 RandomAccessSparseVector 外加了一层 VectorWritable 的包装 points.add(new VectorWritable(vec)); } return points; } // 将 VectorWritable 的点集写入文件,这里涉及一些基本的 Hadoop 编程元素,详细的请参阅参考资源里相关的内容 public static void writePointsToFile(Path output) throws IOException { // 调用前面的方法生成点集 List<VectorWritable> pointVectors = getPoints(points); // 设置 Hadoop 的基本配置 Configuration conf = new Configuration(); // 生成 Hadoop 文件系统对象 FileSystem FileSystem fs = FileSystem.get(output.toUri(), conf); // 生成一个 SequenceFile.Writer,它负责将 Vector 写入文件中 SequenceFile.Writer writer = new SequenceFile.Writer(fs, conf, output, Text.class, VectorWritable.class); // 这里将向量按照文本形式写入文件 try { for (VectorWritable vw : pointVectors) { writer.append(new Text(), vw); } } finally { writer.close(); } } 执行结果 KMeans Clustering In Memory Result Cluster id: 0 center:{"class":"org.apache.mahout.math.RandomAccessSparseVector", "vector":"{\"values\":{\"table\":[0,1,0],\"values\":[1.8,1.8,0.0],\"state\":[1,1,0], \"freeEntries\":1,\"distinct\":2,\"lowWaterMark\":0,\"highWaterMark\":1, \"minLoadFactor\":0.2,\"maxLoadFactor\":0.5},\"size\":2,\"lengthSquared\":-1.0}"} Points: 5 Cluster id: 1 center:{"class":"org.apache.mahout.math.RandomAccessSparseVector", "vector":"{\"values\":{\"table\":[0,1,0], \"values\":[7.142857142857143,7.285714285714286,0.0],\"state\":[1,1,0], \"freeEntries\":1,\"distinct\":2,\"lowWaterMark\":0,\"highWaterMark\":1, \"minLoadFactor\":0.2,\"maxLoadFactor\":0.5},\"size\":2,\"lengthSquared\":-1.0}"} Points: 7 KMeans Clustering Using Map/Reduce Result Weight: Point: 1.0: [1.000, 1.000] 1.0: [2.000, 1.000] 1.0: [1.000, 2.000] 1.0: [2.000, 2.000] 1.0: [3.000, 3.000] Weight: Point: 1.0: [8.000, 8.000] 1.0: [9.000, 8.000] 1.0: [8.000, 9.000] 1.0: [9.000, 9.000] 1.0: [5.000, 5.000] 1.0: [5.000, 6.000] 1.0: [6.000, 6.000]
介绍完 K 均值聚类算法,我们可以看出它最大的优点是:原理简单,实现起来也相对简单,同时执行效率和对于大数据量的可伸缩性还是较强的。然而缺点也是很明确的,首先它需要用户在执行聚类之前就有明确的聚类个数的设置,这一点是用户在处理大部分问题时都不太可能事先知道的,一般需要通过多次试验找出一个最优的 K 值;其次就是,由于算法在最开始采用随机选择初始聚类中心的方法,所以算法对噪音和孤立点的容忍能力较差。所谓噪音就是待聚类对象中错误的数据,而孤立点是指与其他数据距离较远,相似性较低的数据。对于 K 均值算法,一旦孤立点和噪音在最开始被选作簇中心,对后面整个聚类过程将带来很大的问题,那么我们有什么方法可以先快速找出应该选择多少个簇,同时找到簇的中心,这样可以大大优化 K 均值聚类算法的效率,下面我们就介绍另一个聚类方法:Canopy 聚类算法。
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