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R语言与数据分析之四:聚类算法2

时间:2014-12-12 11:47:35      阅读:277      评论:0      收藏:0      [点我收藏+]

标签:数据分析   r语言   机器学习   clustering   

<span style="font-family: Arial, Helvetica, sans-serif; background-color: rgb(255, 255, 255);">今天继续和小伙伴们分享聚类算法和R语言的实现,上篇和大家分享了聚类中的距离、类间距离和最古典的层次聚类法,今天和大家分享几个动态聚类算法。</span>

首先和大家分享被评为十大数据挖掘算法之一的K-means 算法(K为分类的个数,mean为平均值,该算法的难点即为K的指点)

Step1:选择K个点作为初始质心;
Step2:将剩余每个点指派到最近的质心,形成K个簇(聚类);
Step3:重新计算簇的质心(坐标平均值);
Step4:重复2-3直至质心不发生变化;

接下来看看R语言如何实现K-means:

X=iris[,1:4]
km=kmeans(X,3)#数据库+分类数

可见R语言的强大性,但是K的指定确实很有技巧,可以先做一次层次聚类法,得出K取多少会相对合适;

K-means优点:

有效率,且不容易受初始值选择的影响;

缺点:

1、  不能处理非球形的簇;

2、  不能处理不同尺度,不同密度的簇(聚类的球大小层次不齐);

3、  离群值可能会有较大的干扰(因此要先剔除)

基于密度的方法:DBSCAN(Density-Based Spatial Clustering of Applications with Noise)

前面提到的K-means比较适合球形分布的案例,对于下图所示的点群则效果不好,接下来引入另一种聚类方法来解决这类问题。

bubuko.com,布布扣

首先解释下基本的概念:

r-邻域:给定点半径r内的区域

核心点:如果一个点的r-邻域至少包含最少数目M个点,则称该点为核心点

直接密度可达:如果点p在核心点q的r-邻域内,则称p是从q出发可以直接密度可达

如果存在点链p1,p2, …, pn,p1=q,pn=p,pi+1是从pi关于r和M直接密度可达,则称点p是从q关于r和M密度可达的(见下图),注意密度可达是单向的。

Ps:密度可达即可以纳入同一类;

如果样本集D中存在点o,使得点p、q是从o关于 r和M密度可达的,那么点p、q是关于r和M密度相连(见下图)

bubuko.com,布布扣

DBSCAN基本算法:

Step1:指定合适的 r 和 M;
Step2: 计算所有的样本点,如果点p的r邻域里有超过M个点,则创建一个以p为核心点的新簇;
Step3: 反复寻找这些核心点直接密度可达(之后可能是密度可达)的点,将其加入到相应的簇,对于核心点发生“密度相连”状况的簇,给予合并
Step4 :当没有新的点可以被添加到任何簇时,算法结束
Ps:DBSCAN对用户定义的参数很敏感,细微的不同都可能导致差别很大的结果,而参数的选定无规律可循,只能靠经验确定。
R语言实现如下:

install.packages(fpc)
library(fpc)
iris.data<-iris[,-5]
ds<-dbscan(iris.data,1.5,MinPts=30,scale=TRUE,showplot=TRUE,method="raw")

结果如下图:

bubuko.com,布布扣





R语言与数据分析之四:聚类算法2

标签:数据分析   r语言   机器学习   clustering   

原文地址:http://blog.csdn.net/howardge/article/details/41890773

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