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后缀数组的两篇神论文:
/* *suffix array *倍增算法 O(n*logn) *待排序数组长度为n,放在0~n-1中,在最后面补一个0 *da(str ,n+1,sa,rank,height, , );//注意是n+1; *例如: *n = 8; *num[] = { 1, 1, 2, 1, 1, 1, 1, 2, $ };注意num最后一位为0,其他大于0 *rank[] = { 4, 6, 8, 1, 2, 3, 5, 7, 0 };rank[0~n-1]为有效值,rank[n]必定为0无效值(关键处) *sa[] = { 8, 3, 4, 5, 0, 6, 1, 7, 2 };sa[1~n]为有效值,sa[0]必定为n是无效值(关键处) *height[]= { 0, 0, 3, 2, 3, 1, 2, 0, 1 };height[2~n]为有效值 * */ const int MAXN=20010; int t1[MAXN],t2[MAXN],c[MAXN];//求SA数组需要的中间变量,不需要赋值 //待排序的字符串放在s数组中,从s[0]到s[n-1],长度为n,且最大值小于m, //除s[n-1]外的所有s[i]都大于0,r[n-1]=0 //函数结束以后结果放在sa数组中 bool cmp(int *r,int a,int b,int l) { return r[a] == r[b] && r[a+l] == r[b+l]; } void da(int str[],int sa[],int rank[],int height[],int n,int m) { n++;//注意 int i, j, p, *x = t1, *y = t2; //第一轮基数排序,如果s的最大值很大,可改为快速排序(只改第一轮) for(i = 0;i < m;i++) c[i] = 0; for(i = 0;i < n;i++) c[x[i] = str[i]]++; for(i = 1;i < m;i++) c[i] += c[i-1]; for(i = n-1;i >= 0;i--) sa[--c[x[i]]] = i; for(j = 1;j <= n; j <<= 1) { p = 0; //直接利用sa数组排序第二关键字 for(i = n-j; i < n; i++) y[p++] = i;//后面的j个数第二关键字为空的最小 for(i = 0; i < n; i++) if(sa[i] >= j) y[p++] = sa[i] - j; //这样数组y保存的就是按照第二关键字排序的结果 //基数排序第一关键字 for(i = 0; i < m; i++) c[i] = 0; for(i = 0; i < n; i++) c[x[y[i]]]++; for(i = 1; i < m;i++) c[i] += c[i-1]; for(i = n-1; i >= 0;i--) sa[--c[x[y[i]]]] = y[i]; //根据sa和x数组计算新的x数组 swap(x,y);<span style="white-space:pre"> </span>//小优化 p = 1; x[sa[0]] = 0; for(i = 1;i < n;i++) x[sa[i]] = cmp(y,sa[i-1],sa[i],j)?p-1:p++; if(p >= n) break;<span style="white-space:pre"> </span>//小优化 m = p;//下次基数排序的最大值 } int k = 0; n--;//注意 for(i = 0;i <= n;i++) rank[sa[i]] = i; for(i = 0;i < n;i++) { if(k) k--; j = sa[rank[i]-1]; while(str[i+k] == str[j+k]) k++; height[rank[i]] = k; } } int rank[MAXN],height[MAXN]; int RMQ[MAXN]; int mm[MAXN]; int best[20][MAXN]; void initRMQ(int n) { mm[0]=-1; for(int i=1;i<=n;i++) mm[i]=((i&(i-1))==0)? mm[i-1]+1:mm[i-1]; for(int i=1;i<=n;i++) best[0][i]=i; for(int i=1;i<=mm[n];i++) for(int j=1;j+(1<<i)-1<=n;j++) { int a=best[i-1][j]; int b=best[i-1][j+(1<<(i-1))]; if(RMQ[a]<RMQ[b]) best[i][j]=a; else best[i][j]=b; } } int askRMQ(int a,int b) { int t; t=mm[b-a+1]; b-=(1<<t)-1; a=best[t][a];b=best[t][b]; return RMQ[a]<RMQ[b]?a:b; } int lcp(int a,int b) { a=rank[a];b=rank[b]; if(a>b) swap(a,b); return height[askRMQ(a+1,b)]; } char str[MAXN]; int r[MAXN]; int sa[MAXN]; int main() { while(scanf("%s",str) == 1) { int len = strlen(str); int n = 2*len + 1; for(int i = 0;i < len;i++) r[i] = str[i]; for(int i = 0;i < len;i++) r[len + 1 + i] = str[len - 1 - i]; r[len] = 1; r[n] = 0; da(r,sa,rank,height,n,128); for(int i=1;i<=n;i++) RMQ[i]=height[i]; initRMQ(n); int ans=0,st; int tmp; for(int i=0;i<len;i++) { tmp=lcp(i,n-i);//偶对称 if(2*tmp>ans) { ans=2*tmp; st=i-tmp; } tmp=lcp(i,n-i-1);//奇数对称 if(2*tmp-1>ans) { ans=2*tmp-1; st=i-tmp+1; } } str[st+ans]=0; printf("%s\n",str+st); } return 0; }
#include<cstdio> #include<cstring> #include<iostream> #include<algorithm> using namespace std; const int MAXN = 200000+100; int t1[MAXN],t2[MAXN],c[MAXN]; bool cmp(int *r,int a,int b,int l) { return r[a] == r[b] && r[a+l] == r[b+l]; } void da(int str[],int sa[],int rank[],int height[],int n,int m) { n++; int i, j, p, *x = t1, *y = t2; //第一轮基数排序,如果s的最大值很大,可改为快速排序 for(i = 0;i < m;i++) c[i] = 0; for(i = 0;i < n;i++) c[x[i] = str[i]]++; for(i = 1;i < m;i++) c[i] += c[i-1]; for(i = n-1;i >= 0;i--) sa[--c[x[i]]] = i; for(j = 1;j <= n; j <<= 1) { p = 0; //直接利用sa数组排序第二关键字 for(i = n-j; i < n; i++) y[p++] = i;//后面的j个数第二关键字为空的最小 for(i = 0; i < n; i++) if(sa[i] >= j) y[p++] = sa[i] - j; //这样数组y保存的就是按照第二关键字排序的结果 //基数排序第一关键字 for(i = 0; i < m; i++) c[i] = 0; for(i = 0; i < n; i++) c[x[y[i]]]++; for(i = 1; i < m;i++) c[i] += c[i-1]; for(i = n-1; i >= 0;i--) sa[--c[x[y[i]]]] = y[i]; //根据sa和x数组计算新的x数组 swap(x,y); p = 1; x[sa[0]] = 0; for(i = 1;i < n;i++) x[sa[i]] = cmp(y,sa[i-1],sa[i],j)?p-1:p++; if(p >= n) break; m = p;//下次基数排序的最大值 } int k = 0; n--; for(i = 0;i <= n;i++) rank[sa[i]] = i; for(i = 0;i < n;i++) { if(k) k--; j = sa[rank[i]-1]; while(str[i+k] == str[j+k]) k++; height[rank[i]] = k; } } int rank[MAXN],height[MAXN]; char str[MAXN]; int r[MAXN]; int sa[MAXN]; int main() { int len1,len2; scanf("%s",str); len1=strlen(str); for(int i=0;i<len1;i++) r[i]=str[i]-'a'+2; r[len1]=1; scanf("%s",str); len2=strlen(str); for(int i=0;i<len2;i++) r[len1+1+i]=str[i]-'a'+2; int n=len1+len2+1; r[n]=0; da(r,sa,rank,height,n,30); int ans = 0; for(int i = 2; i < n; i ++) if((sa[i] < len1 && sa[i-1] > len1) || (sa[i-1] < len1 && sa[i] > len1)) { ans = max(ans, height[i]); } printf("%d\n", ans); return 0; }
POJ 2774 Long Long Message(最长公共子串 -初学后缀数组)
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原文地址:http://blog.csdn.net/kalilili/article/details/44343489