首先是解包
注意 这里必须将cmd 的当前位置改到apktool 目录下， 不然就会报错说找不到 aapt.exe ， 当然也可以加入到系统path中
apktool d .apk folder
这步之后就是修改smali 代码或者是.so文件了
改好之后使用
apktool b folder
然后folder 文件里就会出现一个apk
之后就是签名问题了
签名有3条路走， 一条是使用jdk , 一条是使用android的signapk ，还有就是集成工具
1 创建key，需要用到keytool.exe (位于jdk1.6.0_24\jre\bin目录下)，使用产生的key对apk签名用到的是jarsigner.exe (位于jdk1.6.0_24\bin目录下)，把上两个软件所在的目录添加到环境变量path后，打开cmd输入
D:\>keytool
-genkey -alias demo.keystore -keyalg RSA -validity 40000 -keystore demo.keystore/*说明：-genkey
产生密钥 -alias
demo.keystore 别名 demo.keystore -keyalg
RSA 使用RSA算法对签名加密 -validity
40000 有效期限4000天 -keystore
demo.keystore */D:\>jarsigner
-verbose -keystore demo.keystore -signedjar demo_signed.apk demo.apk demo.keystore/*说明：-verbose
输出签名的详细信息 -keystore
demo.keystore 密钥库位置 -signedjar
demor_signed.apk demo.apk demo.keystore 正式签名，三个参数中依次为签名后产生的文件demo_signed，要签名的文件demo.apk和密钥库demo.keystore.*/ |
注意事项：android工程的bin目录下的demo.apk默认是已经使用debug用户签名的，所以不能使用上述步骤对此文件再次签名。正确步骤应该是:在工程点击右键->Anroid Tools-Export Unsigned Application Package导出的apk采用上述步骤签名。
引用 http://www.cnblogs.com/qianxudetianxia/archive/2011/04/09/2010468.html
另外自己在操作过程中遇到一个问题，还有解决方法 ：
主要原因是JDK安装在C盘，没有写权限，所以报错
可以更改目录解决 改为如下
C:\Program Files\Java\jdk1.7.0_65\bin>keytool -genkey -alias andro
eyalg RSA -validity 30000 -keystore D:/keyStore/android.keystore
放在D盘，完美解决
2 android 源码自带的signapk工具 需要用到证书
1.进入<Android_Source_Path>/build/target/product/security,找到【platform.pk8】和【platform.x509.pem】系统密钥。
2.进入<Android_Source_Path>/build/tools/signapk找到SignApk.java，运行javac编译成SignApk.class
3.执行命令java com.android.signapk.SignApk platform.x509.pem platform.pk8 input.apk output.apk
3就是使用自动签名工具了， 比如androidresedit , 原理其实就是上述的第二条，只是自动化了一下。 当然签名目录中证书什么是可以换的
最终这3中方法都是可以生成签过名的apk的 ,当然 大牛看看就行，不要吐槽我们这些菜逼。。。
END
原文地址：http://blog.csdn.net/baidu_28138887/article/details/46598779
