本着应用隔离的原则，建议把证书服务部署在一台独立的windows server 2012 r2虚拟机之中。证书服务器可以不用考虑高可用，因证书服务宕掉后，除了不能继续颁发证书和不能访问证书吊销信息，并不影响证书的其他验证。
证书服务的安装
证书服务的安装很简单，运行服务器管理器，添加角色与功能，选择”Active Directory证书服务“，
在角色服务中选择”证书颁发机构“与”证书颁发机构WEB注册” （不是证书注册web服务）两项，证书颁发机构WEB注册也就是传统的http://<ca-ip>/certsrv注册方式，虽然大多数情况下可以不用此方式申请证书，但在某些特殊情况还是会用到（比如某些非微软的第三方应用），所以请安装上。
其他步骤选择默认。
安装后的配置
安装完成后，在服务器管理器的右上角会有一个***的三角图标，点击它，
选择要配置的角色服务，就选择安装的两项。
选择企业CA，
选择根CA，对于一般企业来说，就一台根CA足矣，不用搞得太复杂。
在接下来的选项中选择创建新的私钥，加密选项默认，密钥长度至少2048位，其他选项默认。
高级配置
虽然在上面的安装完成后，基本的证书服务就可以用了，但在生产环境中，还建议进行以下配置：
修改服务器级别颁发的证书有效期，如改为10年
创建一个自定义的企业用的证书模板（计算机类）
调整CRL发布期，尽量长（如果安全性要求高，则要调短）
配置HTTP方式访问CRL和AIA，并且内外可访问
创建EFS恢复代理
关于证书续订
修改服务器级别颁发的证书有效期
默认情况下，证书的有效期只有两年，即使你证书模板配置了大于两年也没用，需要在证书服务器上修改下面这个总开关：
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\CertSvc\Configuration\<caname>下面的"ValidityPeriodUnits"，默认为2，修改成需要的年限，修改后要重启证书服务。
在企业环境中，如果不修改这里，每两年都去续订或更新证书也是件麻烦事（比如邮件系统用的证书），对于安全合规要求不是很高的环境可以调高这里的年限。
创建一个自定义的企业用的证书模板（计算机类）
默认情况下，用户能从MMC中申请“计算机”类型的证书，但此证书所有参数固定，不能添加自定义的域名（CN和SAN），且不能导出私钥，不适合生产环境，需要新建一个适合生产的模板，以便自动申请相关证书，步骤如下：
运行mmc，添加证书模板，然后选中计算机模板，再选复制模板，就会基于计算机模板复制出一个新模板，我们可以基于此模板定义出适合自己的模板，计算机模板既适合服务器身份验证，也适合客户端身份验证，这点与WEB服务器模板有所不同，WEB服务器只适合服务器身份验证，不同用途的模板适合不同的场景，在Exchange和LYNC的部署中，通常只要是计算机类型的证书即可（比如你申请一个用户类型的证书是没有用的）。
然后在复制模板的兼容性标签选默认设置（如果不是选windows server 2003兼容设置，比如更高版本，则不能通过web方式申请），
在常规标签下，有效期设置为10年，续订期也设置长一点，如一年，如果续订期太短，过了续订期就只有新申请证书，而不能利用原有证书，这会导致很多麻烦事（比如去相关应用更换证书）。
在请求处理标签，选择允许导出私钥。
在使用者名称标签，选择在请求中提供，这样你就可以很方便地自定义公用名和使用者备用名称，比如多域名或通配符证书。
最后返回证书颁发机构，右击证书模板，选择新建，选要颁发的证书模板。
然后选择刚才新建的证书模板，这样就可以通过MMC，WEB方式申请此类型的证书了。如果不加到证书颁发机构下的证书模板下，是不能通过MMC/WEB方式申请此类型证书的。
可以找一台加域客户端或服务器进行验证，运行mmc，添加证书（计算机）插件，在个人>证书下右击，选所有任务，选申请新证书。
选择相应证书模板，并点配置设置，
在公用名填入使用者名称，然后备用名称DNS栏填入其他域名或通配符。最后确定申请，正常马上就能看到证书。
调整CRL发布期
右击吊销的证书，在CRL发布间隔填写1年，取消发布增量CRL。这样做的目的不是增强安全性，是减少工作量，毕竟大部分环境还没有很高的CRL要求。
配置HTTP方式访问CRL，并且内外可访问
默认情况下，CRL证书吊销列表通过LDAP方式访问，但此方式域网络之外是无法访问的，为了让内外都能访问，并简化部署，建议把CRL分发点设置成通过HTTP方式访问，并发布到外网，实现内外统一访问。
进入证书颁发机构属性，选择扩展标签，选CRL分发点，首先取消发布到LDAP，这个东西只能内部访问，外部又不能访问，所以取消它，只保留HTTP的方式访问CRL。
然后选中上面的http一行，再点下面的添加，添加如下地址，ca.cme-cq.com为内外网都能访问的域名，指向实际的证书服务器，最后面的jdjt-rootca.crl是证书颁发机构的名字与crl扩展名组合。
确定后如下图勾选。
完成后手动发布一下CRL。
注意这些CRL实际是发布在system32\certsrv\certenroll之下的（关联到了IIS的CertEnroll目录，所以通过HTTP能够访问），红框中的crl为吊销列表。
参照上面CDP同理修改AIA位置，取消LDAP发布，并添加http路径，路径与CRL发布路径仅后面文件名不一样，这里就是前面system32\certsrv\certenroll路径下crt文件名。
接着就是要在内外部DNS服务器上添加ca.cme-cq.com的解析，外部要访问还需要在边缘防火墙进行发布，建议使用TMG（TMG可以部署成旁路）,TMG可以通过不同的域名来实现对同一IP和80端口的重复利用。
完成后到客户端申请一个证书，检查CRL分发点位置和颁发机构信息访问两个设置是否如我们配置一样。
并测试是否能够访问。
创建EFS恢复代理
有个别用户会使用EFS加密，但由于不了解相关知识，没有意识到备份自己的证书与私钥，导致重装系统后原来EFS文件再也不能打开（重装系统后私钥和证书都被删除了，虽然公钥在证书颁发机构有，但私钥如前面原理所说，他是只保存在用户电脑上的）。作为一种救援手段，管理员需要提前创建至少一个EFS恢复代理，这样当用户找到你时，你才可以扮演救世主，不然你也只能耸耸肩。其实操作很简单，打开组策略管理，编辑默认的default domain policy，在计算机配置>windows设置>安全设置>公钥策略下，右击加密文件系统，选择创建数据恢复代理程序，就会自动以当前用户创建一个恢复代理，
双击此证书，可以看到证书目的是文件恢复，
切换到详细信息，点复制到文件，把恢复代理证书与私钥备份出来，以备急用。
完成后在用户端刷新组策略，可以见到相关加密文件属性中已经有了恢复代理。
那如果是用户出现问题，怎么恢复呢？
步骤是登录用户桌面，把此pfx证书导入当前用户，此时就能够打开了。
关于证书续订
证书续订需要在续订期之内进行，进入mmc，找到相应证书，选所有任务>高级操作>使用相同的密钥续订此证书
本文出自 “火线科技兄弟伙的博客” 博客，请务必保留此出处http://huoxian.blog.51cto.com/9437529/1680132
证书解析（二）：windows 2012 r2证书服务安装与高级配置
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