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构成上的区别：
每个MyISAM在磁盘上存储成三个文件。
第一个文件的名字以表的名字开始，扩展名指出文件类型。 .frm文件存储表定义。
数据文件的扩展名为.MYD (MYData)。
索引文件的扩展名是.MYI (MYIndex)。
基于磁盘的资源是InnoDB表空间数据文件和它的日志文件，InnoDB 表的大小只受限于操作系统文件的大小，一般为 2GB
事务处理上方面:
MyISAM类型的表强调的是性能，其执行数度比InnoDB类型更快，但是不提供事务支持
InnoDB提供事务支持事务，外部键等高级数据库功能
SELECT UPDATE,INSERT，Delete操作
如果执行大量的SELECT，MyISAM是更好的选择
1.如果你的数据执行大量的INSERT或UPDATE，出于性能方面的考虑，应该使用InnoDB表
2.DELETE FROM table时，InnoDB不会重新建立表，而是一行一行的删除。
3.LOAD TABLE FROM MASTER操作对InnoDB是不起作用的，解决方法是首先把InnoDB表改成MyISAM表，导入数据后再改成InnoDB表，但是对于使用的额外的InnoDB特性（例如外键）的表不适用
对AUTO_INCREMENT的操作
每表一个AUTO_INCREMEN列的内部处理。
MyISAM为INSERT和UPDATE操作自动更新这一列。这使得AUTO_INCREMENT列更快（至少10%）。在序列顶的值被删除之后就不能再利用。(当AUTO_INCREMENT列被定义为多列索引的最后一列，可以出现重使用从序列顶部删除的值的情况）。
AUTO_INCREMENT值可用ALTER TABLE或myisamch来重置
对于AUTO_INCREMENT类型的字段，InnoDB中必须包含只有该字段的索引，但是在MyISAM表中，可以和其他字段一起建立联合索引
更好和更快的auto_increment处理
如果你为一个表指定AUTO_INCREMENT列，在数据词典里的InnoDB表句柄包含一个名为自动增长计数器的计数器，它被用在为该列赋新值。
自动增长计数器仅被存储在主内存中，而不是存在磁盘上
关于该计算器的算法实现，请参考
AUTO_INCREMENT列在InnoDB里如何工作
表的具体行数
select count(*) from table,MyISAM只要简单的读出保存好的行数，注意的是，当count(*)语句包含 where条件时，两种表的操作是一样的
InnoDB 中不保存表的具体行数，也就是说，执行select count(*) from table时，InnoDB要扫描一遍整个表来计算有多少行
锁
表锁
提供行锁(locking on row level)，提供与 Oracle 类型一致的不加锁读取(non-locking read in
SELECTs)，另外，InnoDB表的行锁也不是绝对的，如果在执行一个SQL语句时MySQL不能确定要扫描的范围，InnoDB表同样会锁全表，例如update table set num=1 where name like “%aaa%”
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原文地址：http://my.oschina.net/darionyaphet/blog/490960
