一、来源 Comprehensive genomic resources related to domestication and crop improvement traits in Lima bean. Nature Communications volume 12, Article numbe ...
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2021-06-17 16:44:55
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参考基因组fasta文件添加index 命令一 #faidx index samtools faidx *.fa 命令二 # bwa index bwa index -a bwtsw *.fa -p *.fa 命令三 #picard index java -jar picard.jar Create ...
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2021-03-11 12:17:26
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1. 建立项目团体 多机构合作，数据和利益共享。 2. 收集目标基因组信息 考虑的因素： 基因组大小、倍性、杂合性、GC含量和重复。 数据库查询： fungi (http://www.zbi.ee/fungalgenomesize) animals (http://www.genomesize.co ...
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2021-02-02 11:26:07
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自从武汉报告了未知流感病毒，相关科技工作者和疾病预防控制人员加班加点，第一时间分离了病毒，并测序了病毒基因组。相比于当年的SARS，这种进步是非常非常巨大的。所以我们能够以最快的速度拿到病毒基因组，下面是该病毒基因组和SARS病毒基因组的简单比较。结果仅供参考。武汉新冠状病毒基因组共有30473个碱基，SARS病毒基因组29751个碱基，通过blast比对二者基因组，有21905个碱基能够准确比对
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2021-01-02 11:40:14
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转自：https://blog.csdn.net/sinat_38163598/article/details/72851239 1.基本 GFF和GTF是两种最常用的数据库注释格式，基因注释文件。 GFF全称为general feature format，这种格式主要是用来注释基因组。 GTF全称 ...
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2020-12-07 11:58:39
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为了获得1000美元的基因组，是否以牺牲质量为代价?新系列的长读测序的崛起 作者:Theral Timpson根据2010年发表在《生物信息技术世界》(Bio-IT World)上的一篇文章，“1000美元基因组”这个词早在2001年就出现了。威斯康辛大学的大卫·施瓦茨声称，他是在美国国家人力资源研 ...
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2020-10-05 22:25:33
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PrediXcan , SPrediXcan，MetaXcan是近些年基于GWAS后续分析开发出来的工具。 主要功能是在组织和表达的层面预测影响表型的基因，弥补了GWAS只能在基因组层面解释表型的不足。 下面是这几个工具的工作流程： 今天给大家介绍一下如何使用SPrediXcan和MetaXcan工 ...
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2020-06-19 22:47:30
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一、随机化避免碰撞 1.对数字进行随机化后可以避免数字发生碰撞。 例题：P2087 GTY的人类基因组计划2 这道题的唯一难点是判断一个房间里的一群人是否出现过。 可以考虑对于每一个人赋予他一个rand值，然后用rand值的和判断是否出现过。 比如有编号1,2,3的三个人，假设他们的rand值为11 ...
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2020-05-24 09:47:49
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说起提基因组DNA做模板，上千份样本让人心烦意乱，每到采样季，多少研究生都不愿想起那些年洗过的研钵和无数的EP管。菌落PCR，各种处理后，酵母、农杆菌等还没裂开，而做实验的您估计脑袋快要炸开了！多想有一款靠谱的直接PCR产品来拯救实验，拉您跳出基因组DNA提取泥潭！聚合美超光速Mix及PCR扩增伴侣 ...
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2020-05-19 10:25:52
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DNA测序（同义词：DNA深度测序| DNA高通量测序）包括全基因组测序（WGS），全外显子组测序（WES或WXS）和靶向测序。 WGS意味着对整个DNA基因组进行测序， 而WES专注于mRNA编码区（外显子）进行测序，而mRNA编码区（外显子）通常只占很小的基因组部分（在人类中为3％）。 尽管WG ...
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2020-04-20 12:12:33
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