Note from> http://jerkwin.github.io/GMX/GMXtut-1/ 1、生成拓扑 >gmx_mpi pdb2gmx -f pro2.pdb -o pro2.gro -water TIP3P >5 2、检查拓扑 3、定义单位盒子并填充溶剂 >gmx_mpi editco ...
分类：
系统相关 时间：
2019-07-12 22:28:13
阅读次数：
222
1 ; 2 ; STANDARD MD INPUT OPTIONS FOR MARTINI 2.x 3 ; Updated 02 feb 2013 by DdJ 4 ; 5 ; for use with GROMACS 4.5/4.6 6 ; 7 8 title = Martini 9 10 11 ... ...
分类：
其他好文 时间：
2017-11-26 21:54:04
阅读次数：
272
Martini粗粒化模型一开始就是为脂质开发的.（http://jerkwin.github.io/2016/11/03/Martini%E5%AE%9E%E4%BE%8B%E6%95%99%E7%A8%8BLip/ Martini方法的主要思想是, 根据简单的分子构建模块构建可扩展的粗粒化模型, ...
分类：
其他好文 时间：
2017-11-25 20:03:24
阅读次数：
284
mdp文件是能量最小化，NVT模拟，NPT模拟与MD模拟的必须文件。 mdp文件的详细解释可以参考官方文档http://manual.gromacs.org/online/mdp_opt.html 接下来我将使用四个文件为例子来解释mdp文件。 能量最小化minim.mdp 接下来我一行一行注解： ...
分类：
其他好文 时间：
2017-11-05 20:11:28
阅读次数：
519
Gromacs的命令非常多，下面我将我最近用到的先总结一下。标题上也写了这只是Chapter1，以后有新的会继续写Chapter2...等等。 下面这个网址http://manual.gromacs.org/programs/byname.html将所有的Gromacs命令按字母表顺序排列了出来，是 ...
分类：
系统相关 时间：
2017-11-05 17:27:01
阅读次数：
660
Gromacs的文件非常的多，这是官方文档地址：http://manual.gromacs.org/online/files.html. 本文章部分内容来自以下网址https://zhuanlan.zhihu.com/p/27279508 下面我仅做一简述，涉及到PDB，GRO，MDP的文件内部结构 ...
分类：
系统相关 时间：
2017-11-05 17:26:24
阅读次数：
321
安装准备cmake2.8.8orlaterC,C++3.gromacs包http://www.gromacs.org/Downloads安装步骤tarxfzgromacs.tar.gzcdgromacsmkdirbuildcmake../-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/software/gromacs指定安装目录-DGMX_BINARY_SUFFIX=_5.0.7_s指定执行文件后缀默认为gmx（串行单精度），gmx_..
分类：
系统相关 时间：
2017-03-06 15:20:54
阅读次数：
381
除了我们常看的gmx manual以外，官网上还有很多信息，多看看对理解gmx有好处，以下我把官网上的信息大致列出来，大家看看有没有感兴趣的专题：Gromacs总共分为以下几栏About GromacsDeveloper Zone//如果要改源码，要读这一部分Documentation//对gmx有...
分类：
系统相关 时间：
2015-10-20 19:17:22
阅读次数：
390
