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搜索关键字:interproscan    ( 5个结果
Interproscan, xml文件转化为tsv
将interproscan的结果转化格式很奇怪 tsv格式里没有go, kegg, inter-domain信息,但是xml文件里面却有,tsv文件比较好处理,所以先将xml文件转化为tsv。用软件自带的工具:The convert mode is designed to work only for...
分类:其他好文   时间:2015-11-03 02:00:26    阅读次数:703
InterProScan 5.14-53.0 安装
InterProScan 5.14-53.0 安装,目前最新版的interproscan引用自每日一生信--interproscan安装及使用(终结版)原文官网:http://code.google.com/p/interproscan/wiki/Introduction配置要求:至少2 cores...
分类:其他好文   时间:2015-08-04 15:36:11    阅读次数:344
一个基于QT的解析interproscan结果的C++成员函数
结构域预测软件interproscan提供多种输出格式,出于后期分析的需要,选用了gff3格式。我比较喜欢结合数据库进行分析,所以先要把数据导入数据库。 我之前用QT写好了界面,所以只要在菜单里添加一个QAction、再在主窗口类中添加槽函数就可以了。这里给出我解析文件的槽函数。 void MainWindow::on_interproToMyDB(){ PfamToMyDBDlg *...
分类:编程语言   时间:2015-03-30 09:35:35    阅读次数:167
interproscan 的使用和遇到的问题
运行interproscan时报错:[Wed Oct 08 13:07:16]cmiao@apple /share/bioinfo/miaochenyong/interproscan-software/tars/interproscan-5.7-48.0$ ./interproscan.sh -i ...
分类:其他好文   时间:2014-10-09 02:06:07    阅读次数:1973
interProScan的使用
InterProScan的三种使用方法Interproscan,通过蛋白质结构域和功能位点数据库预测蛋白质功能。是EBI开发的一个集成了蛋白质家族、结构域和功能位点的非冗余 数据库。Interproscan整合了一些使用最普及的一些数据库,并应用于功能未知的蛋白进行Interpro注释和GO注释。以...
分类:其他好文   时间:2014-05-07 09:11:32    阅读次数:1230
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