前言上一篇介绍了一些理解和概念，本篇结合代码谈谈，本篇适合小白代码在github仓库[toc]IoC-第一个Spring程序先来个Demo感受一下，代码是基于Maven构建的，如果不熟悉maven可以查看公众号JavaPub目录学习。创建项目在Idea新建Maven项目，目录结构如图导入依赖pom.xml<?xmlversion="1.0"encoding="UTF-8"?><p
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编程语言 时间：
2020-07-05 10:26:07
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由于获取位置特异性矩阵需要使用psiblast -db swissprot -query 0.txt -evalue 0.001 -num_iterations 3 -out_ascii_pssm 0.pssm命令获取，然而该命令只对一个序列比对，如果把大量蛋白质序列输入，其结果会不断更新，最后得到 ...
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2020-04-25 22:00:00
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这几个shadow算法 pcf是sample时候用的 按照一个mode采样几个位置 根据采样结果 决定0-1 可以是0.234 这样就不是 0或者1 就是soft了 主要讲下pcss 是啥 因为我之前对此比较模糊 pcss就是在 pssm+pcf的基础上 动态调整pcf的kernal根据物体到lig ...
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Web程序 时间：
2019-01-31 14:56:00
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1 安装软件 分为： ①基于linux操作系统②基于os操作系统③基于windows操作系统 这里主要介绍基于windows的操作的blast安装 1.1 下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 1.2 安装流 ...
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2018-03-01 00:37:43
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代码说明： 由于一些原因（氨基酸序列过长），没有算出PSSM与SS，按照整理出来的未算出特征的文件，删除原来的蛋白质序列： 需删除的氨基酸文件732.txt（共732条氨基酸）： 删除前 氨基酸共25103*2=50206列 删除后 氨基酸共50206-732*2=48742列 代码如下： 删除每条 ...
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2017-07-09 13:47:58
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代码说明： 使用单个蛋白质的txt计算PSSM生成的结果为单个的PSSM文件。 但是由于一些原因（如蛋白质序列过长），会导致一些蛋白质txt文件无法计算出pssm,为了找到这些没有计算出pssm的蛋白质序列，写出一下代码： 注： ①：isFile() public boolean isFile()测 ...
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2017-07-08 13:26:43
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代码说明： fasta格式的蛋白质序列，一个txt里面有很多蛋白质序列，计算ss、pssm或disorder score时候都需要单条计算，需要分开。 分割前： 分割后： show you the code： ...
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2017-07-04 21:36:33
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PSSM(Parallel Split Shadow Map）平行分割阴影图，是一种根据距离远近采用多个深度纹理渲染阴影的方法 适合用于室外大场景中的平行光比如太阳形成的阴影 本系列需要读者了解基本的深度阴影渲染方面的知识 1 视锥划分 如下图，以采用三个划分为例： 这里将视锥体平行划分为3个区域， ...
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2016-09-18 23:37:07
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阴影这个东西,说来就话长了,很多年前人们就开始研究出各种阴影技术,但都存在各种瑕疵和问题,直到近几年出现了PSSM,也就是CE3的CSM,阴影技术才算有个比较完美的解决方案.Unity自带的实时阴影,也是这种技术,在电脑上很成熟的.我也是目睹了阴影技术的发展,以前也自己写过一些阴影,本来以为以后再也 ...
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移动开发 时间：
2016-08-18 23:24:08
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以下代码均为个人原创，如有疑问，欢迎交流。新浪微博：拾毅者本节内容：
pssm生成
pssm简化
标准的pssm构建
滑动pssm生成
在基于蛋白质序列的相关预测中，使用PSSM打分矩阵会得将预测效果大大提高，同时，如果使用滑动的PSSM，效果又会进一步提高。这里主要以分享代码为主，下面介绍下PSSM从生成到处理的全过程。1.PSSM的生成PSSM的生成有多种方式，这里使用的psiblast软件，n...
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2015-07-08 09:37:57
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176
