多重比对序列的格式及其应用 这里对多重序列比对格式(Multiple sequence alignment – MSA)进行总结。在做系统演化分析、序列功能分析、基因预测等，都需要涉及到多重序列比对。特别是当需要用不同软件对多重比对序列进行批量操作时，会遇到各种的格式，而这些格式是如何产生的，有什....
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2014-08-27 20:19:08
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[ { "keys": ["ctrl+alt+f"], "command": "alignment" }]
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2014-08-27 18:16:48
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题意：A biologist experimenting with DNA modification of bacteria has found a way to make bacterial colonies sensitive to the surrounding population dens...
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2014-08-25 18:32:14
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铁汉生态8月21日晚间公告称，公司近期参与了贵州六盘水大河经济开发区天源洞市政公园和天湖景观大道及德湖景观大道建设工程的公开投标，并被列为评标委员会推荐的第一中标候选人，该工程项目中标金额约为13.42亿元，占公司2013年度经审计营业收入的90.07%。www.dna-china.org不少大众谈...
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2014-08-23 13:58:10
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2014-08-22题目意思：按照各个字符串的逆序数排序（稳定排序，即若A=B，则AB的顺序还是原来的样子）思路：求出每个字符串的逆序数后，排序输出即可代码：//Memory Time // 352K 16MS #include #include typedef struct Dna{ in...
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2014-08-22 19:33:19
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生物信息资源更新越来越快,使用可视化的方法来分析DNA序列已成为生物信息学的一个研究热点,用图形表示DNA序列的方法也越来越成熟。2011年，著名杂志《Science》发表一篇引起轰动的文章:《Presenting the Human Genome:Now is 3D!》,这篇文章完全给我们描述了人类基因组测序未来的蓝图，可见3D技术在很多领域都是发展方向。
使用mono可以快速的创建DNA分子结构立体模型。...
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2014-08-21 17:20:54
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大致题意：排列多个DNA序列，按照每个序列的“有序程度”。如果一个序列已经按照字母顺序排好了，那么这个序列有序程度最高，如AACCGGTT。反之，如果一个序列越无序，那么它的有序程度越低，如TGTCAA。
解题思路：计算每个序列的“逆序数”，即反序字母对的个数，如ATGC的逆序数是3，因为TG，TC，GC都是逆序的。然后按照每个序列的逆序数排序，逆序数越大说明这个序列越无序。
#include...
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2014-08-21 17:16:54
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生物信息资源更新越来越快,使用可视化的方法来分析DNA序列已成为生物信息学的一个研究热点,用图形表示DNA序列的方法也越来越成熟。2011年，著名杂志《Science》发表一篇引起轰动的文章:《Presenting the Human Genome:Now is 3D!》,这篇文章完全给我们描述了人...
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2014-08-21 16:43:44
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dp[i][j] 表示长度为 i 的前缀到达第 j 个节点的最小更改数目。
很显然有dp[0][0] = 0;
dp[ i ][ j ] = min(dp[ i ][ j ],dp[i-1][k] + (j == k ? 0 : 1)),当且仅当j，k满足下列条件时。
j 不为某条模式串的末节点 且 j 到 root 的由失败指针组成的路径上无末节点。
j 是k的儿子节点 或者 j 的父节...
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2014-08-17 20:00:12
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首先建立Trie和失败指针，然后你会发现对于每个节点 i 匹配AGCT时只有以下几种情况：
i 节点有关于当前字符的儿子节点 j 且安全，则i 到 j找到一条长度为 1的路。
i 节点有关于当前字符的儿子节点 j 且 不安全，则i 到 j没有路。
i 节点没有关于当前字符的儿子节点
但是能通过失败指针找到一个安全的节点j，那么 i 到 j 找到一条长度为1的路。
关于节点安全的定义：
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2014-08-17 15:36:52
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