struct模块 把一个数字打包成固定长度的4字节 | Format | C Type | Python | Notes | | | | | | | | pad byte | no value | | | | | string of length 1 | | | | | integer | | | ...
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2020-02-03 14:09:39
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“新型管状病毒”风行世界，从”NCBI”下载了最新版“武汉新冠“基因序列，进行分析，用Seqkit： 碱基个数是：29903（sars病毒，碱基个数是29760）。 DNA是由千万个碱基对组成的,四种碱基交替的不同排列构成了DNA上的基因信息.DNA是双链的,四种碱基：腺嘌呤（A）、胞嘧啶（C）、鸟 ...
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2020-02-03 11:31:01
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遗传算法 (GA) 算法最主要的就是我们要想明白什么是他的 DNA 和怎么样对个体进行评估 (他们的 Fitness). Fitness和DNA 这次的编码 DNA 方式又不一样, 我们可以尝试对每一个城市有一个 ID, 那经历的城市顺序就是按 ID 排序咯. 比如说商人要经过3个城市, 我们就有 ...
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2020-01-29 17:38:20
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要想使用遗传算法，首要任务是定义DNA编码。 传统的 GA 中, DNA 我们能用一串二进制来表示, 比如: DNA1 = [1, 1, 0, 1, 0, 0, 1] DNA2 = [1, 0, 1, 1, 0, 1, 1] 这里，我们仍然使用二进制编码，但是如何与我们的问题对应起来呢？ 我们知道二 ...
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2020-01-29 16:29:35
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一、遗传算法的由来 受生物学的启发， 在一个生物的任何一个细胞中，都有着相同的一套染色体。所谓染色体，就是指由 DNA 组成的聚合体。 传统上看，这些染色体可以被由数字 0 和 1 组成的字符串表达出来（实际上是由4种碱基）。 为了形式化定义一个遗传算法，我们可以将它看作一个优化方法，它可以尝试找出 ...
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2020-01-29 15:58:13
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RepeatMasker软件是library-based，通过相似性比对来识别重复序列，可以屏蔽序列中转座子重复序列和低复杂度序列（默认将其替换成N）。使用数据库Dfam和Repbase The Dfam database is a collection of Repetitive DNA elem ...
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2020-01-28 17:31:21
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[toc] 一、时间序列是什么 时间序列在多个时间点观察或测量到的任何事物，很多都是固定频率出现 的，比如每15秒、每5分钟、每月。 padnas提供了一组标准的时间序列处理工具和数据算法，基本的时间序列类型是以时间戳为索引的Series。 当创建一个带有DatetimeIndex的Series时， ...
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2020-01-28 00:06:27
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"题目" 题意：判断一个DNA序列中，长度为10的子序列，重复次数超过1次的序列！ 题解：用一个map 就能搞定了，但是出于时间效率的优化，我们可以用位运算和数组代替map，首先只有四个字母，就可以用00,01,10,11 四个二进制表示，长度为10的序列，可以用长度为20的二进制序列表示。这样每中 ...
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2020-01-27 20:41:23
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题目大意： 你的任务是分类DNA字符串（只有ACGT四个字符，所有字符串长度相同）。 根据逆序数，排序程度从好到差。 第一次用到了“类”，和c++里的结构体有类似之处 一次AC，简单暴力的冒泡排序，要不下次来个并归排序？ 1 import java.util.Scanner; 2 3 public ...
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2020-01-27 19:14:54
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方法1：将SecurityContextHolder的策略更改为MODE_INHERITABLETHREADLOCAL 方法2：将上面的方法用java方法实现 方法3：AsyncTaskExecutor包装在DelegatingSecurityContextAsyncTaskExecutor中,该D ...
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2020-01-21 00:57:42
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