在比较基因组学的时候，经常会听到“共线性”这个词，但是与其对应的有两个不同的概念，即 (1) synteny (2) collinear 二者的区别如下图所示： 可以看到，syntenic，表示的共线性区域，其基因顺利可以不同； 但是， collinear，表示的共线性区域，其基因顺序一致。 ...
分类：
其他好文 时间：
2020-04-05 11:38:49
阅读次数：
63
BWA简介 BWA（Burrow Wheeler Aligner），是一款将DNA序列mapping到参考基因组上的软件。有三个比对算法：BWA backtrack，BWA SW和BWA MEM。详情可以看看 "李恒" 的解释。 BWA backtrack : 100bp以内的短序列，对应的命令： ...
分类：
其他好文 时间：
2020-03-18 18:33:17
阅读次数：
87
1. GapFiller简介 组装出来的基因组草图的scaffold需要进一步进行gaps的close。进行这样功能的软件有：SOAPdenovo GapCloser v1.12r6; IMAGE; GapFiller. GapFiller文章发表在Genome Biology上：Boetzer M ...
分类：
其他好文 时间：
2020-02-24 13:17:46
阅读次数：
91
首先QTL是数量性状位点，比如身高是一个数量性状，其对应的控制基因的位点就是一个数量性状位点，而eQTL就是控制数量性状表达位点，即能控制数量性状基因（如身高基因）表达水平高低的那些基因的位点。 数量性状基因座：控制数量性状的基因在基因组中的位置称数量性状基因座。常利用DNA分子标记技术对这些区域进 ...
分类：
其他好文 时间：
2020-02-22 21:44:38
阅读次数：
154
1、RepeatMasker 1.1、输入 输入格式为fasta序列，不接受其它 GenBank, Staden,等格式。它既可以处理一个批文件(一个文件包含许多条序列)，也可以批处理许多文件(每个文件含有一条序列)。 RepeatMasker *.fasta 该命令将mask当前目录下所有的以.f ...
分类：
其他好文 时间：
2020-02-21 12:34:32
阅读次数：
123
1、下载所需的数据库及软件 nr数据库已经有了，这里不做介绍 2、pfam数据库 wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/current_release/Pfam-A.hmm.gzwget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databas ...
分类：
其他好文 时间：
2020-02-18 09:37:31
阅读次数：
103
glean工具 当用各类工具完成了注释后，一个问题是，每一个基因组区域，都会获得大量redundant的基因结构注释，到底哪一个注释才是最可靠的？所以，我们需要一个整合工具。 有一种工具是通过统计打分，先手工注释一些基因，然后把所有的自动注释结果跟手工注释比较，给各个工具打个分，最后用这个打分矩阵扩 ...
分类：
其他好文 时间：
2020-02-03 20:53:19
阅读次数：
105
原位连接：补平产物4℃低温500g离心2min，弃上清，沉淀用1X T4连接酶buffer重悬，按照1~2 Cohesive unit/μL的连接酶用量在250μL连接体系中进行平末端连接，16℃连接4-8小时。 （连接酶的活性，浓度，反应温度和时间都有可能是影响连接效果的因素？而下面解交联后的DN ...
分类：
其他好文 时间：
2020-01-24 00:35:51
阅读次数：
120
导读 ：2015 年，阿里云和华大基因立下一个目标：到 2020 年，要在 24 小时完成个人全基因组测序。这在当时是一个几乎被认为不可能的挑战。 而在 2020 年刚开始的第 17 天，我们就实现了这个目标！并且把个人全基因组测序分析做到只需要 15 分钟，不到一顿饭的功夫。 云端实现大规模弹性调 ...
分类：
其他好文 时间：
2020-01-21 10:42:02
阅读次数：
83
去除基因组序列中的未定位的scaffold、Contig序列和线粒体序，主要针对NCBI提供refseq基因组序列，组装到染色体级别的物种基本都通用。将所有碱基统一成大写字母，并计算每条染色体长度，每80个字符换行。处理脚本如下： 1 use strict; 2 open A,"$ARGV[0]";... ...
分类：
其他好文 时间：
2020-01-08 11:00:43
阅读次数：
100
