欢迎来到"bio生物信息"的世界 下面是一篇文献介绍。 关于人类基因组 的检测分析。 1.正向选择的概念 正向选择：某一突变位点逐渐积累，成为优势的位点。 具体表现为：随着时间延长，该位点的突变基因型频率越来越高，远远超过野生型； 2.正向选择的目的 通过比较 、`现代智人/灵长类动物 特定人群/参 ...
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2020-01-03 19:35:59
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代谢物的鉴定流程 蛋白组比基因组和转录组落后一档次，代谢组学比蛋白组又落后一档次，仅化合物的鉴定就让人头疼。 流程如下： 化合物精确质量数 数据库检索 一级鉴定（筛选分子量相同的离子）。 解决质量数问题。 一级鉴定（通过同位素分布比对，筛选分子量和元素组成相同的离子）。 解决同位素问题。 二级鉴定。 ...
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2019-12-30 00:18:38
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基因组组装完后需要对基因组序列进行注释。注释前首先得构建基因模型，有三种策略： 从头注释(de novo prediction)：通过已有的概率模型来预测基因结构，在预测剪切位点和UTR区准确性较低 同源预测(homology-based prediction)：有一些基因蛋白在相近物种间的保守型高 ...
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2019-12-21 18:16:33
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Hi-C是高通量染色体构象捕获（High-throughput Chromosome Conformation Capture, Hi-C）技术的简称，开发于2009年，最初用于捕获全基因组范围内所有的染色质内和染色质间的空间互作信息，目前已应用于基因表达的空间调控机制研究、构建染色体水平参考基因组 ...
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2019-12-19 17:39:30
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edgeR的介绍 背景 RNA-seq表达谱与生物复制的差异表达分析。 实现一系列基于负二项分布的统计方法，包括经验贝叶斯估计，精确检验，广义线性模型和准似然检验。 与RNA-seq一样，它可用于产生计数的其他类型基因组数据的差异信号分析，包括ChIP-seq，Bisulfite-seq，SAGE和 ...
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2019-12-18 15:05:04
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1、PED简介 PED文件格式是广泛使用的用于连锁系谱数据分析的格式，并用作plink程序的输入。PLINK是一个免费的，开源的全基因组关联分析工集，旨在以高计算效率的方式执行一系列基本的，大规模的分析。PED能够处理二倍体SNP数据。 空格(空格或制表符)分隔的文本文件*.ped 每一行对应一个i ...
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2019-12-15 23:25:44
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liftover的介绍 人类基因组有不同的版本，目前用的最多的是hg38和hg19，为了将不同版本的染色体上的位置一一对应，UCSC出了这款工具liftOver，官方的定义是： This tool converts genome coordinates and genome annotation f ...
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2019-12-10 22:26:45
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RepeatModeler：RepeatModeler可用来从头对基因组的重复序列家族进行建模注释，它的核心组件是RECON和RepatScout。 LTR_FINDER：LTR_Finder is an efficient program for finding full-length LTR r ...
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2019-12-09 17:13:50
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1.find_circ的安装 #find_circ需要运行在装有python 2.7的64位系统上，同时需要安装numpy和pysam这两个python模块。其运行需要借助bowtie2和samtools来完成基因组mapping的过程。 wget https://github.com/marvin ...
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2019-12-02 23:32:47
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三、完整基因组的比较研究 研究所有基因的排列，元件之间的相互关系。 人类的HOX gene是果蝇的HOX gene的4倍，说明演化过程中进行2次加倍。 ...
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2019-11-20 13:03:53
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