挑战：寻找新的处理海量数据和复杂性的方法。 生信：说了什么： 研究对象： 以核酸、蛋白质等生物大分子数据库 研究手段方法：数学、信息学、计算机科学 研究工具： 计算机硬件、软件、计算机网络 研究目的： 对浩如烟海的原始数据进行获取、加工、存储、分配、分析、管理、注释解释，使之成为具有明确生物意义的生 ...
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2017-08-31 14:34:08
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第一章糖（Carbohydrate）一、糖类的存在和来源糖类是地球上最丰富的有机化合物，具有最广谱化学结构和生物学功能的生物分子，植物体85%-90%的干重是糖类（植物体含糖类最多，比如棉纤维的糖类含量几乎可以达到干重的全部），地球上的生物量（biomass）50%以上是由葡萄糖的聚合..
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2017-07-07 11:43:08
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基于快速搜索与寻找密度峰值的聚类（Alex Rodriguez and Alessandro Laio） 摘要：聚类分析目的是基于元素之间的相似度对其进行分类，应用范围从天文学到生物信息学、文献计量学到模式识别。我们提出一种方法，思想基于簇中心具有比其邻居更大密度的特点以及与更大密度点之间有一个相对 ...
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2017-06-15 23:34:07
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生物信息资源更新越来越快,使用可视化的方法来分析DNA序列已成为生物信息学的一个研究热点,用图形表示DNA序列的方法也越来越成熟。2011年，著名杂志《Science》发表一篇引起轰动的文章:《Presenting the Human Genome:Now is 3D!》,这篇文章全然给我们描写叙述 ...
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2017-04-29 17:39:45
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小hunter，原名小兔，生物工程硕士。因为嫌弃现在工作的无聊和低工资，所以在老男孩那边报了一个班，6840，开始了我python之旅，向着生物信息学领域“进军”。 从一开始得很排斥编程，很讨厌debug；到后来会自己查资料，查代码，debug。提交了3次作业后，慢慢发现，自己其实也能把这件事情做好 ...
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2017-01-14 22:59:30
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参考：吴祖建, 高芳銮, 沈建国. 生物信息学分析实践[M]. 科学出版社, 2010. 薛大牛说过，搞生物信息的不能挑食，有啥就该做啥。 生物信息中的一大热点就是进化分析，推断出一个物种在整个群体中的进化过程。 先读一篇科普文章：（源宜基因） 生物的进化指的是生物群体性质随时间经历的变化。分子生物... ...
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2017-01-09 18:07:06
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每过一段时间就要读一遍，看看自己现在到底在哪个等级了。 前几天去南京参加两年一度的全国大会CCBSB2014，今年是第六届，见到许多熟识的前辈和老朋友，也结识了不少新朋友。相比于两年前在哈尔滨开的第五届大会，参会人数又多了100多。连大会特邀报告算上，总共76位学者做口头报告，其中30位学者我之前并 ...
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2017-01-09 16:43:20
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SVM迅速发展和完善，在解决小样本、非线性及高维模式识别问题中表现出许多特有的优势，并能够推广应用到函数拟合等其他机器学习问题中.从此迅速的发展起来，已经在许多领域(生物信息学，文本和手写识别等)都取得了成功的应用.在地球物理反演当中解决非线性反演也有显著成效，例如（SVM在预测地下水涌水量问题等） ...
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2016-12-26 00:08:29
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使用humann2: 参考晨宇大大的学习文档 HUMAnN2是描述微生物代谢通路的。使用宏基因组或宏转录组的序列信息。 http://huttenhower.sph.harvard.edu/humann2 安装的顺序是：Bowtie2 > Metaphlan2 > HUMAnN2 （个人建议安装an ...
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2016-12-08 09:59:21
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本次的任务是对三组儿童的肠道宏基因组测序序列进行数据挖掘。我负责的是2-3 years old，control，十个双端测序数据。 *****************************************我是分割线***********今天没有心情卖萌******************* ...
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2016-12-06 13:30:31
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