Hadoop的一大基本原则是移动计算的开销要比移动数据的开销小。因此，Hadoop通常是尽量移动计算到拥有数据的节点上。这就使得Hadoop中读取数据的客户端DFSClient和提供数据的Datanode经常是在一个节点上，也就造成了很多“Local Reads”。本文将介绍在优化Local Reads的一些方案。...
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2014-10-17 18:50:01
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在对之前的ITS数据(454数据)做split时，发现有一些reads没有被匹配上，但是barcode能够完全匹配，虽然之后的primer在中间漏了一个碱基，导致后面的碱基全部误匹配，从而导致这条reads没有被匹配上的问题。终于解决Qiime的问题后，使用split_libraries.py 做切...
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2014-10-13 18:22:41
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由于Qiime出了点问题，ITS项目先缓几天，这两天先忙着做meta的内容。物种丰度计算准备工作：1 使用SOAPAligner对过滤好的数据进行比对，得到相应的.soap文件，里面记录匹配到的reads的情况；2 还需要将所有用到的reference做一个TAX，tax文件记录referenc.....
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2014-10-11 17:07:18
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鲤鱼基因组：http://www.ntv.cn/a/20140923/52953.shtml关于鲤鱼基因组的测定，数据质量控制遭到质疑。Why you should QC your reads AND your assembly？Graham Etheringtonhttp://grahamethe...
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2014-10-05 13:53:28
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rnacallvarients时gatk推荐工具，broad institute都推荐了，还是encode计划时冷泉港内部开发的，特点：快速、as支持性好、支持长reads、全转录本、发现嵌合转录本等，有理由看一下。百度了下，没中文的博文，我来翻译一个吧……####################原...
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2014-10-03 13:24:34
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1.将多表连接拆分成较小的几个部分顺序执行
2.用内连接代替外连接。
3.优先直线哪些能大大减少返回行的操作，再将生产的临时表与其他表进行左连接。
4.修改like程序，去掉%，因为有%无法使用索引。
5.使用存储过程封装哪些复杂的SQL logical reads语句或商业逻辑。...
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2014-09-29 14:23:30
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前期准备(版本匹配)：Hadoop 2.x is faster and includes features, such as short-circuit reads, which will help improve your HBase random read profile. Hadoop 2.x...
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2014-09-19 22:22:26
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在MySQL主从复制机器的master的数据库中创建function，报出如下错误：
Error Code: 1418. This function has none of DETERMINISTIC, NO SQL, or READS SQL DATA in its declaration and binary logging is enabled
(you *might* want to...
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2014-09-19 17:38:05
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mysql默认是不能自定义函数的当create function时This function has none of DETERMINISTIC, NO SQL, or READS SQL DATA in its declaration and binarysolution 1:exec：SET G...
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2014-09-18 11:06:03
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A method and apparatus for preservingmemoryordering in a cache coherent link based interconnect in light of partial and non-coherentmemoryaccesses is ...
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2014-09-05 19:37:41
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