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今天终于找到原因了，原来是
C:\Users\Administrator\AppData\Roaming\ESRI\Desktop10.1\ArcToolbox下
ArcToolbox.dat文件过大了，都300多M了。每次打开ArcMap都去加载这玩意去了。
直接删掉这个文件就OK了。
起因是：
地理处理--地理处理选项--将地理处理操作记录到日志文件中
不勾选这个，也可以解决。
转载：http://blog.csdn.net/li55703833/article/details/11906471
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原文地址：http://www.cnblogs.com/yuankunblogs/p/4819116.html
