AtomEye的使用

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      网易博客粗略地在转载的基础上对AtomEye补充了概述：

    AtomEye: Atomistic configuration viewer developed by J. Li. This program is mainly used for MD results. Since this code uses dynamic memory allocation, million-atom-visualization is possible. Our group usually uses this program to make a movie file. Since making execution file from source is not easy, we are using a precompiled binary file.
    Links: AtomEye2 homepage
    Local Manual :Binary and Source code can be downloaded
    Related Sites: AtomEye2 group is developing parallel version, AtomEye3. Current status of AtomEye3 is beta version and not stable. One should be careful when using AtomEye3. If parallel version is stable, the code is useful for us!!

      另附上该软件的引用文献：J.Li.AtomEye: an ef?cient atomistic con?guration viewer.Modelling Simul. Mater. Sci. Eng. 11 (2003) 173–177.

      该软件使用过程中有如下两点值得注意：

      1. 一般性使用。

     运行后会出现两个界面，一个是原子图像界面（下图右边），另一个是操作符界面（下图左边）。把原子图像的窗口最大化后，既可以像VMD一样用鼠标拖拉产生旋转，也可以通过键盘来控制图像的显示。需要特别注意的是，使用键盘控制显示时，需要先将鼠标放在图像界面上，然后在键盘输出相应的控制符，例如控制显示背景颜色时，需要敲入d（注意大小写，大写D是取截面的意思），此时，操作符界面虽然没有显示d，但是有个后续的RGB值的输入提示，接着输入0 0 1，并按下Enter，这样图像界面就会出现蓝色背景了，如下面右图所示。 

   

 

（二）对原子图像的操作：

      2. 动画制作。

       AtomEye还可以制作动画，这个在Michael的博客中已经有了详细说明：【原创】atomeye视频可视化lammps结果

参考链接：

[1] http://iopscience.iop.org/article/10.1088/0965-0393/11/2/305/pdf

[2] Utilities to use with CFG/AtomEye:http://li.mit.edu/A/Graphics/A/utils.html

[3]  AtomEye 3: atomistic configuration viewer:http://li.mit.edu/Archive/Graphics/A3/A3.html

[4] 我爱搜集网：可视化软件atomeye简介、使用方法及常用快捷键；如何使用atomeye将lammps的模拟结果做成视频动画

[5] Making Atomistic Movies using AtomEye

AtomEye的使用

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原文地址：http://www.cnblogs.com/panscience/p/4911745.html