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从本科阶段来看，几乎没什么区别。
以我在的厦大计算机科学系和软件学院来说，我们系里面还分理论和应用两个方向，软件学院也有分方向，不过只是平台不同，都是软件应用方面的。所以数学课上，我们系理论方向的学生上的是数分、高代，比较难，而我们应用的和软件学院一样上高数、线代。
计算机科学相对就有更数学、更学术的方向，比如去研究数理逻辑啊什么的，软件学院则更偏应用。
还是拿我校为例（不同学院还是不一样的），我校的软件学院要上好几门高级编程语言的课C/C++/JAVA等，而我们当时就上了一个学期的C，再加5周小学期的另外一门，汇编不算高级语言。两边应该都上。
当然，上面说的区别其实，和没有区别差不多的，同一个学校的这两个系或专业或学院的学生，用人单位除非主管是本系的前辈，不然全看实力和人缘。
另外，软件学院可能应该更偏应用，我们学校计算机系很多教授都是图像方向的，应用范围小，所以软件学院和公司的联系比较密切，就我所知就有几家公司和学院签合约了，我大计算机系没听说过。学生可能交的钱多了，所以做起项目来比较认真，项目经验也许就比我大计算机系一堆无所事事的家伙多，所以软件学院去公司实习比我大计算机系要顺利得多，找IT工作也就顺利一点。
当然，上述都是我个人对本校的情况的估计，外校情况不同，也不能保证自己的认识就是对的。
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