搭建 MPICH3 并行计算环境

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先记录在单机MacBook上的搭建，实验室集群的搭建流程是一样的，不过每台机器都需要做一次。

MacBook：

1、安装mpich3:

$ ./configure --prefix=/Users/xin/sftwr/mpich3 --disable-fortran
$ make
$ make install

2、修改环境变量
打开/etc/bashrc
输入：
export MPI=/Users/xin/sftwr/mpich3
export PATH=${PATH}:${MPI}/bin

3、测试是否正确安装
查看命令是否是我们安装目录下的命令

重启终端，输入：
$ which mpiexec

4、用主机名表示ip地址
打开 /etc/hosts，定义 ip 地址和主机名之间的对应关系：
添加：
127.0.0.1         node0

note: 每个主机中都需要添加所有主机的ip，并赋予每个ip相同的名字 (相当于主机名字是主机ip的别名). 主机之间要设置免密码登录，从而才能登录到其它主机运行 mpiexec 进程

5、创建machinefile文件
在 ~/conf/目录中创建文件
输入：
node0

note: 每台主机需要相同的machinefile文件，文件中的名字可以用ip代替

6、测试：计算圆周率
mpiexec -n 3 -machinefile ~/conf/machinefile /Users/xin/sftwr/mpich3-source/examples/cpi

测试结果：
Process 0 of 3 is on xindeMacBook-Pro.local
Process 1 of 3 is on xindeMacBook-Pro.local
Process 2 of 3 is on xindeMacBook-Pro.local
pi is approximately 3.1415926544231318, Error is 0.0000000008333387
wall clock time = 0.004443

7、安装mpi4py

$ sudo python setup.py install

装好Python MPI后，使用dir()函数查看所有的MPI通信函数

from mpi4py import MPI
comm = MPI.COMM_WORLD
dir(comm)
help(comm.Allreduce)
help(comm.allreduce)

实验室集群：

过程基本没有差别，区别只在于hosts文件中需要记录更多的ip地址（以及主机名，可以任意赋予一个名字）

hosts文件内容：

其它问题：

mpich3的更多的命令参数可参看官网文档：http://www.mpich.org/static/downloads/3.0.4/mpich-3.0.4-userguide.pdf。

在所有的服务器上运行的mpi版本必须一致，否则也会出错。

有时有些问题是由于防火墙导致的，在运行mpi程序时，我们可以关掉防火墙：

 关闭防火墙

#service iptables stop

 查看防火墙状态

#service iptables status

搭建 MPICH3 并行计算环境

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原文地址：http://www.cnblogs.com/xinchrome/p/5058408.html