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任务：在MeVisLab平台完成fMRI数据的预处理
难点：对MeVisLab平台的不熟悉；平台本身关于fMRI的可用内容少（多了就不用我做了 = =）；语言障碍，好多专业词汇根本翻译不过来，或者翻译不过去……
具体流程：
功能核磁数据的导入
参数自动提取
层面时间校正
头动校正（刚体变换）
图像配准
去基线漂移
带通滤波
时间延时（暂时不了解）
进展：
0.对不认识的模块（Modules）右键 show help。[安装目录下Packages/MeVisLab/Standard/Documentation/Publish/ModuleReference/genre.html 可按类显示核心Modules]
1.关于数据导入，要求为dicom格式导入，可以文件夹识别什么的，尝试了众多导入方法，最终确定DirectDicomImport，选择文件夹，可识别文件信息。在此，导入的文件为mosaic排列后的，为了后期的正常处理，需要将其一张slice中的z取出来，使用Demosaic模块，得到参数为[x,y,z,t,c,u]的图像集。这里x,y,z为图像的空间坐标，t为时间坐标，也即多少个dicom文件，多少个TR， c=color,指的是图像的色彩显示方法，MRI数据为灰度显示（Gary）。U好像是user，可是我尝试导入多个被试的数据，u并没有改变，可能是理解错误，还需要进一步确认。
2.参数提取比较简单，直接通过Info实现，如果后期需要实现GUI，可直接引用其中的参数；
3.时间层面校正（选作），暂时还没有发现相关的Module，可以通过自己开发Module实现，在生成的cpp工程中利用LOOP中的t的循环，实现对时间层面的校正，另外，在info信息中也有对时间信息的显示，后经确认并非是层面时间信息。还需要继续学习SPM中层面时间校正的内容。
4.头动校正，利用刚体变换模型实现。具体模块为MERIT，变换类型为rigid.在进行头动校正时，选择t=1的图像作为模板图像，利用subImage从导入的dicom文件中选取一张子图，subImage可以对六个坐标都进行重新选择，这里我只对t进行选择，在SPM Manual里好像看到说以首帧做基础，进行头动校正，则用subImage选出首帧。可利用MERIT对图像进行刚体变换，得到变换矩阵（MERIT/output/Transformation Matrix）.可是问题在于，MERIT一次只能将一幅图像变换到模板图像的变换矩阵得到，而fMRI-BOLD数据绝对不止一副，如何实现多图像的校正，我还是没有想到合适的方法，在我现有的理解中在MeVisLab中，模块与模块的链接只能传输数据，而非数据流，也就是说，我无法在模块外实现对某些环节的循环引用，难道我要基于MERIT重新开发Module吗？或者还有其他的方法可以实现，可我还没发现？
另外RegistrationManual 模块，可以通过overlay显示配准效果，在调试过程中作为检验工具。
5.图像配准，同样利用MERIT模块实现，变换类型为rigid.模板图像为T1像，进行配准操作，具体问题与头动校正相同。在配准过程中，需要对结构像进行重构，利用Resample3D调整分辨率和坐标信息。[在spm中是先进行完分割再配准的，如果不分割是否有影响，需要分割吗？]
6.去基线漂移&带通滤波处理 直接使用FFTbandpassFilter 实现滤波。其核心算法即通过FFT→加滤波模板→IFFT实现。
对于基线漂移的改善情况，不知道怎么检验效果，以及如何改善，还需要学习。
7.时间延时相关特性
8.归一化到标准脑模板(选做) 与头动校正和图像配准相同，都属于空间变换，变换形式不同，需要利用整体变换仿射变换affine实现，模板图像为SPM提供的标准脑模板，利用MERIT，变换类型为affine.
其他积累：
1.论坛学习：http://forum.mevis.fraunhofer.de/index.php
2.可能用到的模块
| ImagePropertyConvert | 调整图像参数，包括分辨率，大小等 |
| SoView2Doverlay | 用于比较图片 |
| Imagespector | 沿某一坐标将图像分隔开，但最多只有6个输出…… |
| reshape | x*y*z*C*T*U保持不变 |
| soGVRVolumeRender | 对3D、4D进行渲染呈现 |
| MinMaxSCan | 调整大小，在变换过程中可能会用到 |
| Affinetransformation3D | 进行3D仿射变换 |
| Fiter类 | 进行滤波和平滑等 |
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原文地址：http://www.cnblogs.com/deepcanvas/p/5121664.html
