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今天用cummeRbund 对cuffdiff的结果进行可视化， 一直报错，之前跑的好好的，找了半天原因， 原来出现在read.table这个函数上；
read.table有一个参数check.names , 其默认值为TRUE,它会自动将变量名转换成唯一的字符型向量
其通过调用make.names函数来实现这一过程，
比如我的原始数据中列名称分别为1,2,3,4,5,6,
make.names(c("1", "2", "3", "4", "5", "6")) [1] "X1" "X2" "X3" "X4" "X5" "X6"
可以看到通过make.names的处理，在每个数字前面加上一个X前缀，使这个变量看上去更像一个字符型变量；
因为变量名已经改变了， 所以只能通过转换后的变量来访问对应数据；
为了让列名称和原始的一致，在read.table时，可以设置check.names=F;
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原文地址：http://www.cnblogs.com/xudongliang/p/5141459.html
