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处理医学图像的一个难题在于 坐标系的不一致。
1. 世界坐标系； 2. 解剖学坐标系（病人坐标系）； 3. 图像坐标系 这些坐标系以不同的方式呈现它们的数据；
2. 解剖学坐标系（病人坐标系）
（1） 横断面（The axial plane）: 与地面是平行的那个面。将人分成上身（superior）和下身(inferior)两个部分；
（2） 冠状面（The coronal plane）: 与地面垂直，将人体分割前后(Anterior and Posterior)两个部分；
（3） 矢状面（The sagittal plane): 与地面垂直，将人体分割成左右(left and right)两个部分；
在这个空间中，图像被采样；
这六个方向，那个为正方向，哪个为负方向？？？
#1: LPS为正（用于Dicom图像与itk工具包；）
#2： RAS为正（正好在LPS对面， 用于3D Slice软件）
这两种坐标没有什么根本区别，在处理时候，需要知道图像引用了哪种坐标系；
3. 图像坐标系
医学扫描仪器 创建了规则的点和网格的矩阵数组，它的原点在左上角；除了每个体素的强度值，图像在解剖学坐标系里面的原点以及间距也被保存了下来；
这个原点代表图像第一个体素voxel(0,0,0)在解剖学坐标系中的位置，如（100mm, 50mm, -25mm）；
这个间距指定体素的采样点在解剖学坐标系中的实际间距； 例如（1.5mm（spacing[0]）, 0.5mm(spacing[1]), 0.5mm（spacing[2]））
如果知道了原点和间距，便可以计算每个体素在解剖学坐标系中的对应位置；（通过仿射变换）
图像坐标上的原点对应解剖学坐标（50， 300）， LS上的图像； 间距是(50mm,50mm)
为什么要在最后面加个1， 这是因为图像坐标原点从(0,0)开始的；没有末尾那个1的话，对原点求对应坐标时候，会得到0；
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原文地址：http://www.cnblogs.com/zhao441354231/p/5271441.html
