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硬盘分区的格式有FAT16、FAT32、NTFS和EXT2等，前三种分区格式主要用于Windows操作系统，Ext2主要用于Linux操作系统。
FAT16格式是MS-DOS和最早期的Windows 95操作系统中使用的磁盘分区格式。windows98、windows NT、windows2000、windows xp以及windows 7/8都支持FAT16这种磁盘格式，但该分区格式只支持2GB容量的硬盘分区，并且磁盘利用率较低，这两大致命弱点使其目前很少应用。
FAT32是为了取代FAT16，采用的是32位文件分配表，对磁盘的管理能力大大增强，突破了分区容量2GB的限制，减少磁盘的浪费，提高了磁盘的利用率。windows 98以后的操作系统都支持这种分区格式。
NTFS是微软windows nt的标准文件系统，主要应用在windows 2000/XP/2003以及windows 7中，NTFS分区格式的优点是安全性和稳定性方面非常出色，在使用中不易产生文件碎片，并且能对用户的操作进行记录，通过对用户权限进行非常严格的限制，使每个用户只能按照系统赋予的权限进行操作，充分保护了系统与数据的安全。
Ext2是linux中使用最多的一种文件系统，它是专门为linux设计的，拥有最快的速度和最小的cpu占用率。linux的磁盘分区格式与windows操作系统完全不同。
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