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常见问题,解惑,总结

时间:2016-06-16 20:10:00      阅读:124      评论:0      收藏:0      [点我收藏+]

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p-reads是啥?校正之后的reads

杂合度对基因组组装的影响?Aa就是杂合,一般植物测序的材料都会处理为纯合,因此我们可以认为同源染色体是完全相同的序列,默认我们还认为姐妹染色单体之间的序列是一致的。这样我们测序得到的就是一个整套的单倍体。动物和人的基因组组装就会显得十分复杂,因为无法弄到纯合,不好组装。

 

重复序列对基因组组装有什么影响?基因组组装需要克服的最大困难就是重复序列的问题,重复序列引进了前所未有的复杂度,在二代测序下,重复序列被切成极短的reads,在比对时会出现各种复杂的情形。所以三代测序希望增加reads长度,试图覆盖一些较短的重复序列,减少复杂度。

不同长度的文库在测序过程中是如何利用的?它们是单独测序,单独处理的,不可能混在一起处理,有的软件可以分类型导入不同的文库,分别处理。

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