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BWA算法简介：
BWA安装：
# installing BWA tar jxf ~/software/bwa-0.7.10.tar.bz2 -C /opt/biosoft/ cd /opt/biosoft/bwa-0.7.10/ make echo ‘PATH=$PATH:/opt/biosoft/bwa-0.7.10‘ >> ~/.bashrc source ~/.bashrc
BWA使用步骤：
具体命令：
# 创建运行目录并进入 mkdir -p ~/train/05.reads_aligment/bwa cd 05.reads_aligment/bwa/ # 为原始数据创建软链接，方便数据处理 ln -s ~/data/00.incipient_data/data_for_gene_prediction_and_RNA-seq/genome.fasta ln -s ~/data/00.incipient_data/data_for_variants_calling/F2-19.?.fastq ./ # 创建参考基因组的索引 bwa index genome.fasta -p genome # 比对创建sam文件 bwa mem -t 4 genome F2-19.1.fastq F2-19.2.fastq > F2-19.mem.sam
参考资料：
NGS生物信息分析 V4.2
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原文地址：http://www.cnblogs.com/leezx/p/5601525.html
