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首先说下环境，win2008R2,iis7.5
遇到这个问题，困扰了我一天，在外国的网站上找到答案，还好有点英文基础。最后算是解决了，不过其中的原理还是没有搞的十分清楚。
先说下解决办法，
打开IIS7.5设置，应用程序池--》找到自己的应用程序（网站名称)-->右键-->高级设置-->在进程模型区域，有个-用户加载配置文件-选择后面为true.这个问题就解决了。
解决RSA加密中，System.Security.Cryptography.CryptographicException: 系统找不到指定的文件
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原文地址：http://www.cnblogs.com/syjwbl/p/5853296.html
