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問題一：

Installing Caffe without CUDA: fatal error: cublas_v2.h No such file ：

在Makefile.config中修改，將CPU_ONLY := 1打開。

問題二：“fatal error: hdf5.h: 没有那个文件或目录”解决方法

参考自http://blog.csdn.net/hongye000000/article/details/51043913

Step 1

在Makefile.config文件的第85行，添加/usr/include/hdf5/serial/ 到 INCLUDE_DIRS，也就是把下面第一行代码改为第二行代码。

INCLUDE_DIRS := $(PYTHON_INCLUDE) /usr/local/include

INCLUDE_DIRS := $(PYTHON_INCLUDE) /usr/local/include /usr/include/hdf5/serial/

Step 2

在Makefile文件的第173行，把 hdf5_hl 和hdf5修改为hdf5_serial_hl 和 hdf5_serial，也就是把下面第一行代码改为第二行代码。

LIBRARIES += glog gflags protobuf boost_system boost_filesystem m hdf5_hl hdf5

LIBRARIES += glog gflags protobuf boost_system boost_filesystem m hdf5_serial_hl hdf5_serial

“fatal error: hdf5.h: 没有那个文件或目录”解决方法

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原文地址：http://www.cnblogs.com/ysdu/p/6002069.html