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生物信息学练习1-综合使用软件-2

时间:2016-12-08 09:59:21      阅读:866      评论:0      收藏:0      [点我收藏+]

标签:font   images   cond   nump   mil   tput   集成   nic   完整   

使用humann2:

===================参考晨宇大大的学习文档==========================

HUMAnN2是描述微生物代谢通路的。使用宏基因组或宏转录组的序列信息。

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http://huttenhower.sph.harvard.edu/humann2

安装的顺序是:Bowtie2 ===> Metaphlan2 ===> HUMAnN2

(个人建议安装anaconda,里面集成了多个python包,安装其他软件的时候就不用担心缺少什么numpyscipy这些额外的python包了

安装没什么可讲的,下载安装包(源码),解压,设置环境变量就可以了。要注意的是HUMAnN2依赖于两个数据库(ChocoPhlAnUniRef),他的安装包里面只有这两个数据库的DEMO版本。所以我们首先要下载完整的版本。使用迅雷,简单粗暴(微笑脸)

ChocoPhlAnhttp://huttenhower.sph.harvard.edu/humann2_data/chocophlan/full_chocophlan_plus_viral.v0.1.1.tar.gz

UniRefhttp://huttenhower.sph.harvard.edu/humann2_data/uniprot/uniref_ec_filtered/uniref90_ec_filtered_1_1.tar.gz

配置:

 

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我用迅雷下载的文件有问题,解压之后是空的==所以使用命令下载:

humann2_databases --download chocophlan full /home/pxy7896/Downloads/humann2/humann2/data/chocophlan_FULL4

该命令会自动配置数据库的路径,所以放着就可以了。

IDs="G45084 G45072 G45071 G45109 G45125 G45124 G45049 G45054 G45121 G45099"

for s in ${IDs}

do

humann2 --input ${s}_pe_1.fastq.gz --output /home/pxy7896/Desktop/20161205/result2

humann2 --input ${s}_pe_2.fastq.gz --output /home/pxy7896/Desktop/20161205/result2

done

运行了一晚,产生了很多很多文件。。。

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生物信息学练习1-综合使用软件-2

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原文地址:http://www.cnblogs.com/pxy7896/p/6143581.html

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