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bwa的使用需要两中输入文件：
    Reference genome data（fasta格式 .fa, .fasta, .fna）
    Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq)

step 1: 建立 Index
根据reference genome data(e.g. reference.fa) 建立 Index File
    bwa index -a bwtsw reference.fa

bwa index 指令更多的用法及 options，通过以下的命令来查看
    bwa index

step 2: 寻找 SA coordinates
如果是pair-end 数据（leftRead.fastq和rightRead.fastq）两个文件分别处理
    bwa aln reference.fa leftRead.fastq > leftRead.sai
    bwa aln reference.fa rightRead.fastq > rightRead.sai
    bwa aln reference.fa singleRead.fastq > singleRead.sai

如果希望多线程运行，在其中加入 -t这个参数，另外-f这个参数可以指定结果输出文件，如:
    bwa aln -c -t 3 -f leftreads.sai reference.fa leftreads.fastq

step 3:转换SA coordinates输出为sam
如果是pair-end数据
    bwa sampe -f pair-end.sam reference.fa leftRead.sai rightRead.sai leftRead.fastq rightread.fastq

如果是single reads数据
    bwa samse -f single.sam reference.fa single.sai single.fastq

其他：

fai是对ref基因组文件建的索引，方便软件快速随机读取基因组序列
sai是将fastq比对后出来的文件，用于最后输出比对结果sam文件的

官方文档

http://www.bbioo.com/lifesciences/40-113315-1.html
http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtml

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原文地址：http://www.cnblogs.com/zkkaka/p/6146214.html