/usr/bin/ld: cannot find -lhdf5

这表示找不到库文件 libhdf5.so，若是其它库文件，则是 cannot find -lxxx 了，其中 xxx 是库文件的名字。

解决方法有：

1. 安装此库文件和相关软件

一般库文件属于某个软件，google搜索该软件并安装，或者使用 yum 安装。

2. 将库文件所在路径添加到gcc的搜索路径

使用以下命令查询gcc能否搜寻到指定的库文件:

$ gcc -lhdf5 --verbose

查询库文件 libhdf5.so 是否能在搜索路径中找到。

若安装了软件，找到了库文件的路径。但是依然会提示上述错误。则表示gcc的搜索路径不包含该库文件所在的路径。将库文件所在的路径加入到搜寻路径中的方法为：

2.1 使用 /etc/ld.so.conf 配置文件

将库文件所在的路径加入到 /etc/ld.so.conf 尾部，并使之生效：

$ sudo echo ‘/opt/biosoft/hdf5-1.8.15-patch1/lib/‘ >> /etc/ld.so.conf
libhdf5.so 在路径 /opt/biosoft/hdf5-1.8.15-patch1/lib/ 下，将该路径加添加到配置文件中
$ sudo ldconfig
运行该命令，重新载入 /ext/ld.so.conf 中的路径，使修改生效。

2.2 修改环境变量

$ export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/biosoft/hdf5-1.8.15-patch1/lib/
修改环境变量 LD_LIBRARY_PATH，加入库文件所在路径。使用 export 命令使修改生效。

$ echo ‘export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/biosoft/hdf5-1.8.15-patch1/lib/‘ >> ~/.bashrc
$ source ~/.bashrc
将上述 export 命令加入到配置文件 ~/.bashrc，使之永久生效。

$ export LIBRARY_PATH=/opt/biosoft/hdf5-1.8.15-patch1/lib/:$LIBRARY_PATH
若修改变量 LD_LIBRARY_PATH 不奏效，则修改变量 LIBRARY_PATH 。