标签：windows系统 相同 ack tool new 快速 建立 lin 第一个
1、samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件，根据这个.fai 文件和原始的fasta文件， 能够快速的提取任意区域的序列
2、用法：samtools faidx genome.fa #生成genome.fa.fai
3、例子
该命令对输入的fasta序列有一定要求：对于每条序列，除了最后一行外， 其他行的长度必须相同,
>one
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCAT
GCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC
ATGCAT
>two another chromosome
ATGCATGCATGCAT
GCATGCATGCATGC
最后生成的.fai文件如下， 共5列，\t分隔；
one 66 5 30 31
two 28 98 14 15
第一列 NAME : 序列的名称，只保留“>”后，第一个空白之前的内容；
第二列 LENGTH: 序列的长度， 单位为bp；
第三列 OFFSET : 第一个碱基的偏移量， 从0开始计数，换行符也统计进行；
第四列 LINEBASES : 除了最后一行外， 其他代表序列的行的碱基数， 单位为bp；
第五列 LINEWIDTH : 除了最后一行外， 其他代表序列的行的长度， 包括换行符， 在windows系统中换行符为\r\n, 要在序列长度的基础上加2；
提取序列：
samtools faidx input.fa #生成索引input.fa.fai
samtools faidx input.fa chr1 > chr1.fa #提取chr1序列
samtools faidx input.fa chr1:1-10000 > chr1.fa #提取chr1序列上1-10000间的序列
1、
samtools index accepted_hits.bam #生成索引accepted_hits.bam.bai
samtools view accepted_hits.bam contig1 #提取比对到chr1序列reads
samtools view accepted_hits.bam contig:1-10000 #提取比对到chr1序列上100-200区间的reads
2、
samtools tview accepted_hits.bam ../genome.fa #samtools tview运用要求要先对bam文件index索引
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原文地址：http://www.cnblogs.com/renping/p/6919118.html
