标签：jpg content test html 更新 还需 关系 inf net
Y轴标签Estimaated species Richness代表估计的物种丰富度信息，刻度范围从0-2000可能代物OTU数量，高低对应物种丰富度即数量的高低；根据我的理解Y轴的刻度应为Observed OTU(即直接统计测序样品中按97%聚类16S的种类，虽然作者説是Shannon)；
X轴将标签放在了上方(更常见位于下方)，分别代表三个地区，作者采用按地区先分组，因为不同地区环境差异较大，一般先把主要差异因素分开；其次，这篇文章更关注的是水稻不同部分的微生物组，不是部分要在同一地点下进行比较才是单因素变化的分析；
右侧图例表示不同取样位置：从上到下分为土(Bulk Soil)、根际(Rhizosphere)、根表(Rhizoplane)和根内(Endosphere)四类，对应图中每个地区中箱体的不同颜色；
图中颜色箱体代表该组数据中间50%的分布区间，中间线为中位数，上下延长线端点分两种情况：如果范围小于1.5倍箱体则为最大或最小值；否则最远为1.5倍箱体长度的线。
图表意义：从不同地区看，可以看到多样性差别，代表土壤和环境条件可以影响微生物组；从取样的不同部分看，发现多样性差别极大，且不同地区有相同趋势；
图观察规律或结论：从根际-根表-根内，细菌的多样性逐渐下降的。不同地区的差别小于不同部分的差别。
优点：作者一直在更新；体积小巧；安装方便，依赖关系极少(安装过QIIME的应该都想哭);
缺点：64位版收费(这么好的软件，收费也值得买)；部分功能还需使用QIIME脚本，估计将来可以全自己搞定，因为作者太强大
标签：jpg content test html 更新 还需 关系 inf net
原文地址：http://www.cnblogs.com/freescience/p/7270861.html
